早晨口臭可能由多种因素引起，包括口腔卫生不佳（如唾液分泌减少致自洁能力下降、儿童和老年人易因不同原因口腔卫生差）、口腔疾病（龋齿处残留食物残渣细菌发酵、牙龈炎牙龈发炎细菌繁殖、牙周炎牙周袋有菌斑牙石脓性分泌物）、胃肠道疾病（幽门螺杆菌感染产生异味物质、消化不良食物停留发酵反流）、呼吸系统疾病（鼻窦炎分泌物倒流、慢性支气管炎呼吸道有痰液）以及其他因素（饮食如食用刺激性食物、药物因素）。
不同人群情况：儿童若睡前未认真刷牙，口腔内易残留奶渍、食物碎屑等，更容易出现早晨口臭；老年人由于牙齿缺失、口腔肌肉功能减退等原因，刷牙漱口可能不够彻底，也较易发生口腔卫生不佳导致的早晨口臭。
口腔疾病
龋齿：龋齿处容易残留食物残渣，细菌在龋齿洞内发酵分解，产生难闻的气味。据临床统计，患有龋齿的患者早晨口臭的发生率比口腔健康人群高约3倍。儿童龋齿若未及时治疗，不仅影响咀嚼功能，还会引发口腔异味等问题；老年人龋齿若不处理，也会持续产生口臭。
牙龈炎：牙龈发炎时，牙龈组织会出现红肿、出血等症状，细菌在发炎的牙龈部位大量繁殖，产生炎性分泌物，从而导致口臭。牙龈炎患者早晨口臭较为常见，且口腔会有血腥味。青少年由于口腔卫生意识相对较弱，容易患牙龈炎进而出现早晨口臭；中年人群若口腔清洁不到位，也易引发牙龈炎导致口臭。
牙周炎：牙周炎是较严重的口腔疾病，牙周袋内会有大量的菌斑、牙石和脓性分泌物，细菌产生的毒素会刺激牙周组织，不仅造成牙周组织的破坏，还会产生异味。牙周炎患者早晨口臭往往比较明显，且伴有牙龈退缩、牙齿松动等症状。老年人是牙周炎的高发人群，随着年龄增长，牙周组织逐渐衰退，更容易患牙周炎而出现早晨口臭。
胃肠道疾病
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内定植，产生尿素酶，分解尿素产生氨等有异味的物质，这些物质可通过口腔呼出，导致早晨口臭。有研究发现，幽门螺杆菌阳性患者中，约60%的人存在早晨口臭问题。儿童若感染幽门螺杆菌，可能会出现消化不良、口臭等症状；成年人感染后，胃肠道功能紊乱可能导致早晨口臭持续存在。
消化不良：晚餐进食过多、进食不易消化的食物等，会导致胃肠道消化功能负担加重，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，通过食管反流至口腔，引起早晨口臭。老年人胃肠蠕动功能减弱，更容易出现消化不良，从而导致早晨口臭；儿童若饮食不规律，暴饮暴食，也易引发消化不良导致口臭。
呼吸系统疾病
鼻窦炎：鼻窦内的分泌物若引流不畅，会滋生细菌，产生脓性分泌物，这些分泌物可能会倒流至咽部，从而引起口腔异味，导致早晨口臭。鼻窦炎患者除了早晨口臭外，还常伴有鼻塞、流涕、头痛等症状。儿童鼻窦炎若未得到有效治疗，可能会影响呼吸和口腔气味；成年人鼻窦炎也会因分泌物倒流引发早晨口臭。
慢性支气管炎：慢性支气管炎患者呼吸道内会有较多的痰液，痰液中含有细菌等微生物，早晨起床后咳嗽可能会将痰液咳出，同时也会导致口腔内有异味，出现早晨口臭。老年人由于呼吸系统功能衰退，患慢性支气管炎的几率较高，更容易出现早晨口臭的情况。
其他因素
饮食因素：前一天食用大量洋葱、大蒜等具有刺激性气味的食物，这些食物中的成分会残留在口腔中，经过一夜的时间，气味仍会在早晨表现为口臭。例如，食用大量洋葱后，口腔中会残留特殊的硫化物，导致口臭。不同年龄段人群都可能因饮食因素出现早晨口臭，儿童若食用过多糖果等甜食，也可能因口腔内细菌分解糖分产生异味而出现早晨口臭。
药物因素：某些药物服用后可能会引起口腔异味，如一些降压药、降糖药等。长期服用这些药物的人群，早晨可能会出现口臭。老年人由于多种疾病需要长期服药，更要关注药物可能引起的口腔异味问题，若出现早晨口臭且怀疑与药物有关，应及时咨询医生是否可以调整用药。
