可通过影像学检查（X线、CT）、痰细胞学检查、纤维支气管镜检查、结核菌素试验（PPD试验）、肿瘤标志物检测及临床表现特点（症状、病史、特殊人群表现）来鉴别肺结核与肺部恶性肿瘤，各检查有不同表现及局限性，需综合各项检查结果进行鉴别。
CT检查：胸部CT对于肺结核与肺部恶性肿瘤的鉴别价值更高。肺结核的CT表现中，病灶的分布、形态更具特征性，如结核球多为圆形或椭圆形，边缘光滑，内部可有钙化，周围常伴有卫星灶；肺部恶性肿瘤的CT表现中，肿块的内部结构可有空泡征、支气管充气征等，增强扫描时恶性肿瘤多呈不均匀强化，而肺结核的干酪性病灶强化多不明显或呈环形强化等。比如，肺癌的CT增强扫描时，肿瘤血管丰富，强化程度常高于周围肺组织。
痰细胞学检查
收集患者痰液进行细胞学检查，查找癌细胞是肺部恶性肿瘤的重要诊断方法之一。如果在痰液中找到癌细胞，则高度提示肺部恶性肿瘤。而肺结核患者的痰液中一般不会找到癌细胞，但可能会找到抗酸杆菌。不过，痰细胞学检查的阳性率受多种因素影响，如痰液收集是否规范、肿瘤的部位等。例如，中央型肺癌痰细胞学检查阳性率相对较高，而周围型肺癌可能较低。
纤维支气管镜检查
对于中央型肺部病变，纤维支气管镜检查可以直接观察病变部位，并可取组织进行病理活检。肺结核患者通过纤维支气管镜检查可能会看到支气管黏膜充血、水肿、溃疡等改变，活检多为炎性组织；肺部恶性肿瘤患者在纤维支气管镜下可见到新生物，活检可找到癌细胞。例如，肺癌患者在纤维支气管镜下可见到支气管腔内的菜花样肿物，活检病理可确诊为癌。
对于周围型病变，可通过经支气管镜肺活检（TBLB），但阳性率相对较低；还可采用经皮肺穿刺活检，不过有导致气胸等并发症的风险。
结核菌素试验（PPD试验）
PPD试验是一种筛查结核感染的方法。结核菌素试验阳性提示曾感染过结核分枝杆菌或接种过卡介苗，但不能区分是活动性结核还是陈旧性结核。肺部恶性肿瘤患者PPD试验一般为阴性或弱阳性。不过，也有少数肺结核患者PPD试验可能为阴性，尤其是重症肺结核、免疫功能低下的患者；而少数肺部恶性肿瘤患者由于机体免疫反应，PPD试验也可能呈阳性，所以该试验不能作为两者鉴别的特异性指标。
肿瘤标志物检测
一些肿瘤标志物如癌胚抗原（CEA）、神经元特异性烯醇化酶（NSE）等在肺部恶性肿瘤患者中可能会升高，但这些标志物的特异性和敏感性均有限。例如，CEA在肺癌患者中的阳性率约为60%左右，但是在肺结核等良性肺部疾病中也可能有轻度升高。所以肿瘤标志物检测只能作为辅助鉴别手段，不能单独依靠其结果来诊断或鉴别肺结核与肺部恶性肿瘤。
临床表现特点
症状方面：肺结核患者多有低热、盗汗、乏力、消瘦等全身症状，以及咳嗽、咳痰、咯血等呼吸道症状；肺部恶性肿瘤患者早期可能无明显症状，随着病情进展可出现刺激性咳嗽、痰中带血、胸痛、消瘦等症状，全身症状相对肺结核来说出现较晚且程度可能相对较轻。例如，肺结核患者的低热多为午后低热，体温一般在37.5-38℃左右，而肺部恶性肿瘤患者的发热多为持续性或间歇性低热或高热，但相对来说不如肺结核的低热典型。
病史方面：肺结核患者多有结核病接触史，或既往有结核病史；肺部恶性肿瘤患者多有吸烟史、职业暴露史（如长期接触石棉、放射性物质等）等。比如，长期大量吸烟的人群患肺癌的风险明显高于不吸烟人群，而有结核病接触史的人群患肺结核的概率相对较高。
特殊人群方面，对于儿童患者，肺结核和肺部恶性肿瘤的表现可能有一定差异。儿童肺结核多有结核中毒症状，且可能有原发综合征的表现；儿童肺部恶性肿瘤相对较少见，但一旦发生，临床表现可能不典型，需要结合多种检查手段进行鉴别。对于老年患者，由于机体免疫力下降等因素，肺结核的不典型表现可能更多，如症状不明显、影像学表现不典型等，而肺部恶性肿瘤的诊断也需要更加谨慎地通过多种检查排除其他疾病。对于免疫抑制人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者，肺结核的发生风险增加，同时肺部恶性肿瘤的表现可能被免疫抑制状态所掩盖，鉴别诊断时需要综合考虑患者的基础疾病、全面评估各项检查结果。
