非感染性胃肠炎的诊断需从病史采集、临床表现观察、实验室检查、影像学检查及鉴别诊断等方面进行。病史采集要考虑年龄、性别、生活方式等因素；临床表现包括症状和体征；实验室检查有血常规、粪便常规、生化检查等；影像学检查有腹部超声、胃镜或结肠镜检查；需与感染性胃肠炎及其他胃肠道疾病鉴别。
性别因素：一般无明显特异性差异，但某些自身免疫性相关的非感染性胃肠炎在不同性别中的发病率可能略有不同，需全面了解。
生活方式：了解患者的作息是否规律、有无长期精神紧张或焦虑等情况，因为精神心理因素可能影响胃肠道功能，导致非感染性胃肠炎的发生或加重。
临床表现观察
症状表现：患者可能出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状。腹痛的部位、性质和程度各异，腹泻可为稀便、水样便等，呕吐物的性状也可提供一定线索。例如，食物过敏导致的非感染性胃肠炎可能伴有皮肤瘙痒、皮疹等过敏相关表现；自身免疫性疾病引起的可能有消瘦、乏力等全身症状。
体征检查：进行体格检查时，可能发现腹部压痛，一般无明显的感染性体征如反跳痛、腹肌紧张等（但需注意与感染性胃肠炎鉴别）。对于婴幼儿患者，还需观察精神状态、有无脱水征（如皮肤弹性差、眼窝凹陷、尿量减少等）。
实验室检查
血常规：白细胞计数一般正常或轻度升高，若合并感染可能有白细胞及中性粒细胞升高，但非感染性胃肠炎时通常以淋巴细胞等为主，可辅助鉴别感染性与非感染性。
粪便常规：粪便外观多为稀便或水样便，显微镜检查一般无大量白细胞、红细胞（与感染性胃肠炎不同，感染性胃肠炎粪便中多有较多白细胞、红细胞），可检测是否有脂肪滴等，提示是否存在消化吸收不良等情况。
生化检查：对于出现脱水症状的患者，需进行血生化检查，了解电解质（如钠、钾、氯等）、血糖、肝肾功能等情况，评估患者的脱水程度和内环境紊乱情况。例如，脱水时可能出现血钠、血钾异常等。
过敏原检测：对于怀疑食物过敏导致非感染性胃肠炎的患者，可进行过敏原检测，如皮肤点刺试验、血清特异性IgE检测等，明确是否存在食物过敏原。
自身抗体检测：若考虑自身免疫性非感染性胃肠炎，可检测相关自身抗体，如抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗中性粒细胞胞浆抗体等，协助诊断自身免疫性疾病相关的胃肠道病变。
影像学检查
腹部超声：可观察胃肠道的形态、结构，有无肠道扩张、积液等情况，有助于排除肠道梗阻等其他疾病，对非感染性胃肠炎的诊断有一定辅助作用，但特异性相对有限。
胃镜或结肠镜检查：胃镜检查可直接观察食管、胃和十二指肠的黏膜情况，结肠镜检查可直接观察结肠和直肠黏膜情况，能发现胃肠道黏膜的炎症、糜烂、溃疡等病变，对于明确非感染性胃肠炎的病变部位和程度有重要价值，还可在必要时取组织进行病理检查，以进一步明确病因，如自身免疫性胃炎、炎症性肠病等可通过病理检查确诊。
鉴别诊断
与感染性胃肠炎鉴别：感染性胃肠炎多有明确的感染病史或接触史，粪便中多有大量白细胞、红细胞，可检测出病原体，而非感染性胃肠炎一般无这些感染相关证据。
与其他胃肠道疾病鉴别：需与消化性溃疡、肠道肿瘤等疾病鉴别，通过上述病史采集、临床表现、实验室及影像学检查等综合判断，排除其他疾病后明确非感染性胃肠炎的诊断。例如，消化性溃疡常有周期性上腹痛等特点，胃镜检查可明确鉴别；肠道肿瘤通过结肠镜及病理检查可确诊。
