肾囊肿症状表现多样，无症状时较小囊肿多定期监测；有症状时，较大囊肿可致腰部不适或疼痛，少数破裂出血致血尿，非常大时可触及腹部肿块，压迫肾脏致高血压，数量多、体积大或特殊类型囊肿可影响肾功能致异常，不同年龄性别在部分症状上无显著差异但需注意鉴别相关疾病。
许多单纯性肾囊肿在较小的时候往往没有任何症状，这是因为囊肿对肾脏组织的影响较小，没有引起肾脏功能的明显改变以及周围组织的异常刺激。对于没有症状的肾囊肿，尤其是较小的肾囊肿（直径通常小于4厘米），一般需要定期进行超声等检查来监测囊肿的大小变化等情况。在生活方式上，一般建议保持健康的生活习惯，如均衡饮食、适量运动等，以维持身体的良好状态，对于这类患者来说，不同年龄、性别并没有特殊的禁忌，但需要关注囊肿的发展情况。
有症状表现
腰部不适或疼痛：当肾囊肿较大时（直径大于4厘米甚至更大），可能会压迫肾脏包膜或者牵拉肾蒂，从而引起腰部的隐痛、胀痛等不适。这种疼痛的程度和性质因人而异，部分患者可能只是感到腰部有隐隐的酸痛感，而有些患者可能疼痛较为明显。对于不同年龄的人群，儿童时期出现肾囊肿导致腰部不适相对较少见，但如果出现也需要及时就医评估；成年人中，无论是男性还是女性，都可能因为肾囊肿增大而出现腰部不适；老年人出现这种情况时，需要考虑是否合并有其他老年常见疾病，如骨质疏松等，因为骨质疏松也可能导致腰部疼痛，需要鉴别诊断。
血尿：少数肾囊肿可能会破裂出血，血液流入尿液中就会导致血尿。血尿的表现可以是肉眼可见的血尿，即尿液呈红色；也可以是镜下血尿，需要通过显微镜检查尿液才能发现红细胞。在性别方面，男性和女性出现血尿的原因可能有所不同，但肾囊肿导致的血尿并没有明显的性别差异。对于出现血尿的患者，无论年龄大小，都需要引起重视，进一步检查明确血尿的原因是肾囊肿导致还是其他泌尿系统疾病引起等。例如，老年患者出现血尿时，除了考虑肾囊肿外，还需要警惕泌尿系统肿瘤等更严重疾病的可能。
腹部肿块：当肾囊肿非常大时，在腹部可以摸到肿块。一般在身体侧方腰部的位置可以触及到质地较软的肿块。对于儿童患者，如果触及到腹部肿块，需要高度警惕先天性肾囊肿性疾病等情况；成年人触及到腹部肿块时，要考虑肾囊肿等肾脏病变的可能，需要进一步进行详细检查来确诊。
高血压：较大的肾囊肿可能会压迫肾脏，引起肾素-血管紧张素系统激活，从而导致血压升高。这种由肾囊肿引起的高血压，在积极治疗肾囊肿（如囊肿穿刺硬化治疗等）后，血压有可能恢复正常。在不同年龄层中，各个年龄段的患者都可能因为肾囊肿出现高血压情况，男性和女性在这方面并没有显著的性别差异，但需要注意的是，老年高血压患者本身基础疾病较多，肾囊肿引起的高血压需要与其他原因引起的高血压相鉴别，在治疗时要综合考虑患者的整体情况。
肾功能异常：一般来说，单纯性肾囊肿早期很少引起肾功能异常，但如果肾囊肿数量较多、体积较大，或者是多囊肾等特殊类型的肾囊肿，随着病情进展可能会影响肾脏功能，导致肾小球滤过率下降等，表现为血肌酐升高等肾功能指标异常。对于儿童多囊肾患者，从儿童时期就可能逐渐出现肾功能的改变，需要密切监测肾功能情况；成年人多囊肾患者随着年龄增长，肾功能异常的发生率会逐渐增加，男性和女性在多囊肾导致肾功能异常方面没有明显差异，但不同个体的病情进展速度可能不同。
