病毒性脑炎可导致认知功能障碍、精神行为异常、运动功能障碍、癫痫发作及语言、视力听力等其他后遗症，不同表现有其相应影响因素，如病毒侵犯脑内相关区域、年龄、性别、生活方式等差异会造成不同程度和形式的后遗症表现及恢复情况差异。
影响因素：病毒侵犯脑内与认知相关的区域，如颞叶等，不同年龄的患者由于大脑发育程度不同，受影响的程度和表现形式可能有差异。儿童正处于大脑发育关键期，病毒对其认知功能区域的损伤可能更易导致长期的认知问题；而成年人相对大脑发育已成熟，但也可能因病毒侵犯重要脑区出现明显认知障碍。
精神行为异常
表现：部分患者会出现情绪不稳定，如容易烦躁、焦虑、抑郁等；行为异常，可能表现为冲动行为、攻击性行为，或者出现怪异的行为模式；还可能出现幻觉、妄想等精神症状。有研究发现，约20%-30%的病毒性脑炎患者会出现精神行为异常，其中青少年和成年人相对儿童可能更易出现一些复杂的精神症状。
影响因素：病毒感染影响了脑内的神经递质系统和相关神经环路，不同性别患者可能因为激素水平等差异，精神行为异常的表现和严重程度有所不同。例如女性患者可能在月经周期等激素变化影响下，精神症状可能有一定波动；而生活方式方面，患病前生活压力大等可能加重精神行为异常的程度。
运动功能障碍
表现：可能出现肢体瘫痪，常见的有单瘫、偏瘫等，表现为相应肢体无力、活动受限；肌张力异常，如肌张力增高导致肢体僵硬，或肌张力降低导致肢体松软；还可能出现不自主运动，如震颤、舞蹈样动作等。一般来说，约10%-20%的病毒性脑炎患者会有运动功能障碍，儿童患者由于神经系统可塑性相对较强，部分患者在康复治疗后运动功能可能有一定恢复，但也有部分会遗留长期运动障碍。
影响因素：病毒侵犯脑内控制运动的神经结构，如皮质脊髓束等。年龄较小的儿童在运动功能障碍发生后，通过早期的康复训练可能促进运动功能恢复，但如果病毒损伤严重，可能遗留终身运动功能问题；不同性别患者在运动功能恢复过程中可能因为肌肉力量发展等差异有所不同。
癫痫发作
表现：病毒性脑炎患者可能出现各种类型的癫痫发作，如部分性发作，表现为身体某一局部的抽搐、感觉异常等；全面性发作，可出现意识丧失、全身抽搐等。据统计，约10%-20%的病毒性脑炎患者会发生癫痫，且在患病后的不同时间段都可能出现，儿童患者癫痫发作的风险相对较高，且由于儿童大脑的特点，癫痫发作可能对其脑发育产生进一步不良影响。
影响因素：病毒感染导致脑内神经元异常放电，不同年龄患者的大脑对异常放电的耐受和反应不同。儿童大脑处于发育阶段，癫痫发作可能影响其认知、行为等多方面发展；而成年人癫痫发作可能影响其日常生活和工作，且不同性别患者在癫痫发作的频率、控制难度等方面可能因个体差异有所不同。
其他后遗症
语言障碍：若病毒侵犯语言中枢相关区域，患者可能出现语言表达困难，如不能流利表达自己的想法，说话费力；或者语言理解障碍，难以理解他人的话语等。例如一些累及额叶、颞叶语言中枢的病毒性脑炎患者可能出现明显语言障碍，儿童患者语言障碍可能影响其社交和学习，需要早期进行语言康复训练。
视力听力障碍：部分患者可能出现视力下降，如视物模糊等；听力减退，对声音的感知能力降低。这是因为病毒可能侵犯到视觉中枢或听觉中枢相关结构，不同年龄患者视力听力障碍对其生活影响程度不同，儿童患者可能因为视力听力问题影响学习和与外界的交流，需要及时进行相应的康复辅助等措施。
