脑炎后遗症可致运动功能出现肢体瘫痪、肌张力异常、不自主运动等异常且因累及脑部区域不同表现及程度有差异；认知方面有记忆力减退、注意力不集中、学习能力下降及智力受影响等情况，因损伤认知相关脑区所致；精神行为可现情绪不稳定、人格改变、异常行为等，与大脑相关脑区受损有关；会出现癫痫发作表现为突然抽搐且发作形式多样，因脑神经元异常放电引发；存在言语障碍包括说话不清、失语症等，因脑部言语功能区域受损；部分患者有视力听力障碍如视力下降、视野缺损、听力减退等，因累及视觉听觉传导处理脑区或神经通路所致。
一、运动功能障碍
脑炎后遗症可导致运动功能出现异常，常见表现为肢体瘫痪，如单侧或双侧肢体无力、活动受限，部分患者会出现肌张力异常，表现为肌张力增高（肢体僵硬）或减低（肢体松软），还可能出现不自主运动，如震颤、舞蹈样动作等，这与脑部神经受损影响运动传导通路及相关神经调控功能有关，不同患者因脑炎累及的脑部区域不同，运动障碍的具体表现和程度也有差异，年龄较小的儿童可能因运动功能发育受影响，出现大运动（如抬头、坐立、行走）落后于同龄儿等情况。
二、认知障碍
患者可能出现认知方面的问题，包括记忆力减退，难以记住近期发生的事情、人物等；注意力不集中，难以长时间专注于某件事情；学习能力下降，在学校或日常学习活动中表现出理解、接受新知识和完成学习任务的能力降低；智力发育受影响时，可能出现智力水平低于同龄人的情况，这是因为脑炎损伤了大脑中与认知功能相关的脑区，如海马等对记忆和学习至关重要的区域，不同年龄段患者受影响程度不同，儿童患者可能在学业发展、生活自理能力的认知学习方面明显滞后。
三、精神行为异常
部分患者会出现精神行为的改变，例如情绪不稳定，容易出现烦躁、焦虑、抑郁等情绪，波动较大；人格改变，原本的性格特点发生明显变化，如变得孤僻、易怒、冲动等；还可能出现异常的行为表现，如刻板行为（反复做同一动作）、强迫行为（重复某种无意义的行为）等，这与脑炎导致大脑的情感调节中枢、人格相关脑区及行为调控区域受损有关，不同性别患者在精神行为异常的具体表现上可能无显著性别差异，但受病史影响，患病后的心理和行为调整会因个体差异有所不同。
四、癫痫发作
脑炎后遗症患者可能出现癫痫发作，表现为突然发生的抽搐，可涉及全身或局部肢体，发作形式多样，如强直-阵挛发作（全身抽搐、意识丧失）、部分性发作（某一局部或一侧肢体的抽搐、麻木等）等，这是由于脑炎造成脑神经元异常放电，当脑内神经结构因炎症损伤后出现异常电活动的传导和发放，就会引发癫痫发作，年龄较小的儿童癫痫发作可能更频繁且表现不典型，需要密切观察和针对性处理。
五、言语障碍
患者可能存在言语方面的问题，包括说话不清，发音不准确；失语症，表现为不能理解语言、不能表达语言或两者兼具等，这是因为脑部负责言语功能的区域，如布洛卡区、韦尼克区等受到脑炎损伤，影响了语言的表达、理解和处理过程，不同年龄患者言语障碍的表现程度不同，儿童患者可能在语言发育阶段受到严重影响，导致语言能力落后于正常儿童。
六、视力听力障碍
部分脑炎后遗症患者会出现视力或听力的障碍，视力障碍可表现为视力下降、视野缺损等，听力障碍则表现为听力减退、对声音的敏感度降低等，这是因为脑炎累及了负责视觉和听觉传导及处理的脑区或相关神经通路，例如视觉中枢受损会影响视觉信息的处理和感知，听觉中枢或听神经受损会影响听力功能，不同性别患者在视力听力障碍的发生概率上无绝对差异，但病史中脑炎的严重程度等因素会影响视力听力障碍的出现及严重程度。
