肾盂肾炎需与膀胱炎、肾结核、肾小球肾炎等鉴别，与膀胱炎在症状表现、实验室检查有差异；与肾结核在临床表现、实验室检查有不同；与肾小球肾炎在临床症状、实验室检查有区别；急性肾盂肾炎起病急、症状重，慢性肾盂肾炎多有急性期病史、迁延不愈；儿童、妊娠期女性、老年人等特殊人群鉴别有各自注意事项。
一、与膀胱炎的鉴别
症状表现差异：膀胱炎主要表现为尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，一般全身症状较轻，如发热等情况不明显或程度较轻；而肾盂肾炎除了有膀胱刺激症状外，还常有明显的全身症状，如发热、寒战、头痛、全身酸痛、恶心、呕吐等，体温多在38℃以上，甚至可达39℃及以上。
实验室检查区别：尿常规检查中，膀胱炎患者尿中白细胞增多为主，一般细菌学检查可发现致病菌，但肾盂肾炎患者除了尿白细胞增多外，还常可见尿红细胞增多，尿中可出现白细胞管型等，尿细菌定量培养菌落计数往往≥10CFU/ml，且肾盂肾炎可能存在肾功能相关指标的轻度异常等情况。
二、与肾结核的鉴别
临床表现特点：肾结核多有结核病史或结核接触史，除了有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状外，常有午后低热、盗汗、乏力、消瘦等全身结核中毒症状，尿液一般呈酸性，尿中可找到抗酸杆菌，而普通肾盂肾炎尿中一般无抗酸杆菌。影像学检查方面，肾结核可能有肾实质破坏、肾盂肾盏变形等特殊表现，如可见肾皮质空洞、肾盂肾盏狭窄变形等，而肾盂肾炎的影像学检查多无此类典型结核样改变。
实验室检查差异：结核菌素试验（PPD试验）在肾结核时多呈阳性，而肾盂肾炎一般为阴性或弱阳性；肾结核患者尿结核分枝杆菌培养阳性率较高，可借此明确诊断，而肾盂肾炎主要是细菌感染，培养出的是普通致病菌。
三、与肾小球肾炎的鉴别
临床症状区别：肾小球肾炎主要表现为蛋白尿、血尿、水肿、高血压等，一般全身症状相对较轻，即使有发热等情况也多不是以全身感染中毒症状为主；而肾盂肾炎除了有尿的异常外，全身感染中毒症状较为突出。
实验室检查不同：肾小球肾炎患者尿蛋白定量多有不同程度的增多，以肾小球源性蛋白尿为主，尿沉渣中可见较多的红细胞管型等，肾功能检查早期可能正常，后期可出现肾功能减退等；肾盂肾炎患者尿蛋白定量一般轻度增多，以肾小管性蛋白尿为主，尿中可见白细胞管型等，肾功能检查在急性期可能有轻度受损，但多可恢复，慢性肾盂肾炎后期可出现肾功能减退。
四、与急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎的鉴别（自身病程角度）
急性肾盂肾炎：起病急骤，症状明显，全身感染中毒症状重，如上述的高热、寒战等，尿常规检查可见大量白细胞、白细胞管型等，尿细菌培养阳性，经积极抗感染治疗后，症状多可较快缓解，肾功能多可恢复正常。
慢性肾盂肾炎：多有急性肾盂肾炎病史，病情迁延不愈，临床表现可不典型，可表现为间歇性的尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，也可无明显症状，仅在尿常规检查或肾功能检查时发现异常，影像学检查可发现肾脏体积缩小、肾盂肾盏变形等，肾功能逐渐减退，后期可发展为慢性肾衰竭。
特殊人群的鉴别注意事项
儿童：儿童肾盂肾炎临床表现可能不典型，除了可能出现与成人相似的发热、尿路刺激症状外，还可能表现为哭闹、拒食、呕吐等非特异性症状，在鉴别时要全面考虑儿童的年龄特点，结合尿液检查、影像学检查等综合判断，避免漏诊误诊。
妊娠期女性：妊娠期女性由于生理变化，肾盂肾炎的表现可能与非妊娠期有所不同，同时要注意药物对胎儿的影响，在鉴别诊断时要详细询问妊娠相关情况，进行针对性的检查，如尿液检查要注意排除妊娠期生理性蛋白尿等干扰因素。
老年人：老年人肾盂肾炎可能全身症状不典型，发热等表现可不明显，容易被忽视，在鉴别时要关注老年人的基础疾病等情况，如老年人可能合并糖尿病等，其感染表现可能不典型，要通过详细的尿液检查、细菌学检查等明确诊断。
