结肠炎的发生与多种因素相关，包括感染因素（细菌、病毒、寄生虫感染可引发）、免疫因素（自身免疫反应致自身免疫性结肠炎）、遗传因素（部分类型结肠炎具家族遗传倾向）、环境因素（饮食不合理、生活方式不良如精神压力大、吸烟等可诱发）及其他因素（药物长期使用可致药物性结肠炎，肠道菌群失调也会引发）。
病毒感染：病毒感染也可导致结肠炎。如巨细胞病毒感染，可侵犯肠道黏膜，引起肠道炎症。在免疫功能低下的人群中，如艾滋病患者等，巨细胞病毒感染引发结肠炎的风险较高。此外，一些肠道病毒感染，如柯萨奇病毒感染，也可能导致肠道出现炎症反应，引发结肠炎相关表现。
寄生虫感染：某些寄生虫感染可累及肠道，引发结肠炎。比如溶组织内阿米巴原虫感染，阿米巴原虫可侵入肠道黏膜，破坏组织，引起肠道炎症，出现腹痛、腹泻、果酱样大便等症状。在卫生条件较差的地区，寄生虫感染导致的结肠炎相对更易发生，儿童由于卫生习惯相对较差，也可能成为寄生虫感染性结肠炎的易感人群。
免疫因素
自身免疫反应：自身免疫性结肠炎是由于机体免疫系统错误地攻击自身肠道组织引起的。例如溃疡性结肠炎，被认为是一种自身免疫性疾病。患者自身的免疫系统产生了针对肠道黏膜的抗体，导致肠道黏膜持续处于炎症状态，出现肠道黏膜的溃疡、糜烂等病理改变，临床表现为反复发作的腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状。自身免疫性结肠炎的发生可能与遗传因素有关，具有一定遗传易感性的人群更容易发病，而且在不同年龄段均可发病，但多见于青壮年。
遗传因素
家族遗传倾向：某些类型的结肠炎具有遗传易感性。比如一些遗传性的肠道疾病可能表现为结肠炎的症状。如果家族中有亲属患有溃疡性结肠炎等相关结肠炎疾病，那么其他家族成员患结肠炎的风险可能会增加。遗传因素通过影响个体的基因表达等方面，使个体更容易发生肠道的炎症性病变。例如，研究发现溃疡性结肠炎患者的一级亲属患溃疡性结肠炎的风险比普通人群高得多，这提示了遗传因素在结肠炎发病中的重要作用。
环境因素
饮食因素：不合理的饮食可能诱发结肠炎。长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，或者饮食不规律、暴饮暴食等，都可能对肠道黏膜造成刺激，影响肠道的正常功能，增加结肠炎的发病风险。例如，长期大量摄入辛辣食物可能导致肠道黏膜充血、水肿，破坏肠道黏膜的屏障功能，从而引发肠道炎症。在一些西方饮食模式中，高脂肪、高动物蛋白的饮食结构与结肠炎的发病有一定关联，而在我国，随着饮食习惯的西化，结肠炎的发病率也有上升趋势。
生活方式因素：长期精神压力过大也是结肠炎的诱发因素之一。精神压力可通过神经-内分泌-免疫调节网络影响肠道的功能。长期处于高压力状态下，会导致肠道蠕动紊乱、肠道黏膜免疫功能失调等，从而增加结肠炎的发病风险。例如，一些长期从事高强度工作、精神高度紧张的人群，患结肠炎的概率相对较高。此外，吸烟也可能与结肠炎的发病有关，吸烟会影响肠道的血液循环和免疫功能，增加肠道炎症的发生风险。
其他因素
药物因素：某些药物的长期使用可能引起肠道黏膜损伤，导致结肠炎。例如，非甾体类抗炎药（NSAIDs），长期服用这类药物可能会抑制肠道黏膜前列腺素的合成，破坏肠道黏膜的保护屏障，引起肠道黏膜的炎症、溃疡等病变，从而引发药物性结肠炎。在老年人中，由于常患有多种慢性疾病需要长期服药，因此药物性结肠炎的发生风险相对较高，需要特别注意药物的不良反应。
肠道菌群失调：正常的肠道菌群对维持肠道的健康起着重要作用。当肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌增多，可能导致肠道炎症的发生。例如，长期使用广谱抗生素可破坏肠道正常菌群的平衡，使一些条件致病菌大量繁殖，引发肠道炎症，导致结肠炎。肠道菌群失调在儿童群体中也较为常见，儿童由于肠道菌群尚未完全建立稳定，加上可能存在的不合理使用抗生素等情况，更容易出现肠道菌群失调相关的结肠炎。
