急性肠炎的病因包括感染因素和非感染因素。感染因素有病毒（轮状病毒、诺如病毒）、细菌（大肠埃希菌、沙门菌、志贺菌）、寄生虫（蓝氏贾第鞭毛虫）感染；非感染因素包括饮食因素（食物过敏、饮食不当）、药物因素（抗生素相关性肠炎、其他药物）、其他因素（环境因素、精神因素）。
轮状病毒：是婴幼儿急性肠炎的常见病原体之一，多见于秋冬季节。该病毒主要通过粪-口途径传播，可侵犯小肠上皮细胞，导致细胞功能受损，影响消化和吸收功能。研究表明，轮状病毒感染后，会引起肠道绒毛萎缩、变短，微绒毛变形等病理改变，从而影响营养物质的吸收，引发腹泻等症状。
诺如病毒：也是引起急性肠炎的重要病毒之一，全年均可发生，常在学校、医院、社区等人群聚集场所引起暴发流行。诺如病毒感染人体后，会在肠道内繁殖，刺激肠道黏膜，导致肠道蠕动加快，出现呕吐、腹泻等症状，其致病机制与病毒对肠道上皮细胞的直接损伤以及引起的炎症反应有关。
细菌感染：
大肠埃希菌：包括产毒性大肠埃希菌、侵袭性大肠埃希菌等。产毒性大肠埃希菌可产生肠毒素，作用于肠黏膜细胞，使肠液分泌增加，吸收减少，引起腹泻；侵袭性大肠埃希菌则直接侵袭肠道黏膜上皮细胞，引起炎症反应，导致黏液脓血便等症状。该菌在卫生条件较差、食物被污染的情况下容易引起感染，尤其在夏季高温时，食物保存不当易滋生大肠埃希菌。
沙门菌：常通过食用被污染的禽肉、蛋类、奶类等食物传播。沙门菌感染人体后，可在肠道内繁殖并释放毒素，引起肠道炎症，患者主要表现为发热、腹痛、腹泻等症状，其腹泻特点可为水样便或黏液脓血便，病情严重程度因感染的菌型和个体差异而异。
志贺菌：是细菌性痢疾的病原菌，主要通过粪-口途径传播。志贺菌侵入肠道后，会侵袭结肠和直肠黏膜，引起黏膜炎症、溃疡，导致黏液脓血便、里急后重等典型的痢疾症状，儿童感染后相对成人可能症状更为严重，且由于儿童肠道功能发育尚未完全成熟，感染后更易出现脱水等并发症。
寄生虫感染：
蓝氏贾第鞭毛虫：主要通过饮用被污染的水而感染。该寄生虫寄生在小肠内，可附着于肠黏膜，引起肠黏膜绒毛萎缩、炎症等病变，影响肠道的消化吸收功能，导致患者出现腹泻、腹痛、腹胀等症状，病程可持续数周甚至数月，儿童感染后可能会影响生长发育。
非感染因素
饮食因素：
食物过敏：某些个体对特定食物过敏，如对牛奶中的蛋白质、海鲜中的某些成分过敏等。当食用过敏食物后，肠道会发生免疫反应，导致肠黏膜充血、水肿，通透性增加，引起腹泻、呕吐等急性肠炎症状。例如，对牛奶蛋白过敏的婴儿，可能在食用配方奶后很快出现腹泻、皮疹等过敏表现。
饮食不当：暴饮暴食、食用过多油腻食物、进食生冷食物等都可能引起急性肠炎。大量进食油腻食物会加重肠道消化负担，导致消化不良；进食生冷食物会刺激肠道，引起肠道痉挛，影响肠道正常的蠕动和消化功能，从而出现腹痛、腹泻等症状。比如，夏季过量食用冰镇西瓜等生冷食物后，容易引发急性肠炎。
药物因素：
抗生素相关性肠炎：长期或不规范使用抗生素可导致肠道菌群失调。正常肠道菌群对维持肠道的微生态平衡起着重要作用，抗生素在杀灭致病菌群的同时，也会破坏有益菌群，使得一些条件致病菌如艰难梭菌等大量繁殖，从而引起抗生素相关性肠炎，患者主要表现为腹泻，严重者可出现假膜性肠炎，伴有腹痛、发热等症状。尤其是儿童，由于其肠道菌群尚不稳定，使用抗生素后更易发生此类情况。
其他药物：某些非甾体类抗炎药，如阿司匹林等，也可能引起肠道黏膜损伤，导致急性肠炎。这类药物可抑制胃肠道黏膜前列腺素的合成，削弱黏膜的保护作用，引起黏膜充血、糜烂等病变，从而出现腹痛、腹泻等症状，老年人由于本身胃肠道功能相对较弱，使用此类药物时更需谨慎。
其他因素：
环境因素：腹部受凉可引起肠道痉挛，导致肠道功能紊乱，引发急性肠炎。尤其是儿童，其体温调节能力较差，夜间睡眠时腹部着凉后容易出现腹泻等症状。
精神因素：长期精神紧张、焦虑、压力过大等精神因素可能通过神经-内分泌系统影响肠道的运动和分泌功能，导致肠道功能失调，引发急性肠炎。例如，一些学生在考试期间可能会出现因精神紧张而导致的腹泻等急性肠炎表现。
