包皮过长的发生与遗传、生长发育、疾病、生活方式等多种因素有关。遗传因素使个体有包皮过长遗传倾向；生长发育中婴幼儿及青春期的异常会致包皮过长；阴茎头包皮炎等疾病可引发；卫生习惯不良致包皮垢刺激发炎进而可能形成，缺乏体育锻炼可能间接影响生殖器官发育增加包皮过长风险。
生长发育因素
婴幼儿时期：新生儿及婴幼儿的包皮通常与阴茎头粘连，随着年龄的增长，包皮会逐渐与阴茎头分离，阴茎头逐渐外露。但如果在这个正常的生长发育过程中出现异常，比如局部的生长发育不均衡等情况，可能会影响包皮的正常退缩，从而导致包皮过长。一般来说，正常的生长发育过程中，到了一定年龄阶段包皮会自然退缩，但如果由于个体生长发育的差异，或者存在一些影响局部组织发育的潜在因素，就可能打破这种正常的进程，使得包皮不能正常退缩而表现为过长。
青春期：进入青春期后，阴茎会迅速发育，阴茎头会逐渐完全外露。然而，如果青春期发育过程中，阴茎的发育速度与包皮的发育速度不协调，阴茎头不能正常外露，就会出现包皮过长的情况。例如，阴茎发育较快，但包皮的生长相对滞后，就可能导致包皮覆盖阴茎头，呈现出包皮过长的状态。
疾病因素
阴茎头包皮炎：反复的阴茎头包皮炎会导致阴茎头与包皮发生粘连，炎症刺激会使包皮组织增生、粘连加重，进而影响包皮的正常退缩，最终引发包皮过长。当发生阴茎头包皮炎时，炎症会引起局部组织的充血、水肿，炎性分泌物增多，长期的炎症刺激会使得包皮内板与阴茎头之间的正常解剖关系被破坏，导致粘连形成，阻碍包皮的上翻，久而久之就可能发展为包皮过长。
其他先天性疾病：某些先天性疾病也可能与包皮过长的发生有关，虽然相对较为少见，但如果存在染色体异常等先天性发育异常情况，可能会影响生殖器官的正常发育，包括包皮的发育，从而导致包皮过长。例如，一些罕见的先天性综合征可能会伴有生殖器官的发育畸形，其中就可能包括包皮过长的表现。
生活方式因素
卫生习惯不良：长期不注意阴茎局部的清洁卫生，包皮垢容易堆积，包皮垢的慢性刺激会导致包皮阴茎头炎症的发生概率增加，而炎症的反复刺激又可能进一步促使包皮过长的形成。如果不经常清洗阴茎，包皮内板分泌的皮脂等物质与尿液、污垢等混合形成包皮垢，包皮垢会持续刺激包皮和阴茎头，引发炎症反应，炎症的反复刺激会使包皮组织发生病理性改变，影响包皮的正常功能和形态，逐渐导致包皮过长。
缺乏体育锻炼：缺乏体育锻炼可能会影响身体的整体发育和内分泌平衡等，进而对生殖器官的发育产生一定影响，虽然这种影响相对较为间接，但长期缺乏体育锻炼可能会导致机体的新陈代谢、激素水平等出现一定程度的紊乱，而这些因素可能会在一定程度上干扰生殖器官的正常发育进程，增加包皮过长的发生风险。一般来说，适当的体育锻炼有助于维持身体的正常生理功能和内分泌平衡，而长期缺乏锻炼可能会打破这种平衡，对生殖器官的发育产生不利影响，虽然具体机制尚不十分明确，但已有一些研究提示生活方式与生殖器官发育之间存在一定关联。
