巧克力囊肿的发生与遗传、子宫内膜异位种植、免疫、内分泌等因素相关，遗传因素使有家族背景女性患病风险增加；经血逆流及不良生活方式可致子宫内膜细胞种植卵巢形成囊肿；免疫监视功能异常时易让异位内膜细胞定植；雌激素水平过高及女性内分泌独特性等会影响发病。
一、遗传因素
1.相关机制：部分巧克力囊肿具有遗传倾向，若家族中有亲属患有相关疾病，个体患病风险可能增加。研究表明，某些基因的突变或遗传变异与巧克力囊肿的发生存在关联，遗传因素通过影响卵巢组织的生物学特性等多方面因素，增加了个体罹患巧克力囊肿的可能性。
2.年龄与性别影响：在女性群体中，尤其对于有家族遗传背景的女性，从青春期开始就需要关注自身卵巢状况，因为遗传因素在生命早期就可能对卵巢组织产生潜在影响，随着年龄增长，这种遗传易感性可能逐渐显现。
二、子宫内膜异位种植
1.经血逆流学说：正常情况下，子宫内膜细胞会随着月经血通过输卵管逆流至盆腔。在一些女性中，这种逆流的子宫内膜细胞可能种植在卵巢表面，并在卵巢内生长，逐渐形成巧克力囊肿。例如，女性在月经期间，子宫收缩等因素可能导致更多的经血逆流发生，增加了子宫内膜细胞种植的机会。
2.生活方式影响：长期处于高强度压力状态下的女性，可能会影响内分泌系统，进而影响月经周期和子宫收缩等情况，增加经血逆流的风险，从而提升巧克力囊肿的发生几率。另外，经期剧烈运动等不良生活方式也可能促进经血逆流，使得子宫内膜细胞更容易种植在卵巢部位。
三、免疫因素
1.免疫监视功能异常：人体的免疫系统具有监视和清除异常细胞的功能。当免疫系统的监视功能出现异常时，无法及时清除异位的子宫内膜细胞，这些细胞就可能在卵巢等部位定植并生长，逐渐发展为巧克力囊肿。例如，自身免疫性疾病患者，其免疫系统的平衡被打破，更容易出现免疫监视功能异常的情况，进而增加巧克力囊肿的发病风险。
2.年龄与免疫状态：随着年龄增长，女性的免疫功能会发生一定变化。一般来说，育龄期女性相对免疫功能处于相对稳定状态，但仍可能因各种因素导致免疫监视功能出现波动。而对于老年女性，免疫功能逐渐衰退，也可能影响对异位子宫内膜细胞的清除能力，不过相对而言，育龄期女性由于生殖相关的生理变化，在免疫因素导致巧克力囊肿发生方面可能更为突出。
四、内分泌因素
1.雌激素水平影响：雌激素在子宫内膜的生长和修复等过程中起着重要作用。过高的雌激素水平可能刺激子宫内膜细胞的过度增生和异位种植后的生长。例如，长期服用含有雌激素的药物或处于高雌激素状态的女性，如多囊卵巢综合征患者，由于体内雌激素水平异常升高，增加了巧克力囊肿的发病风险。
2.性别与内分泌差异：女性的内分泌系统具有独特性，与男性相比，女性的雌激素等激素水平变化更为复杂。在月经周期中，雌激素水平呈现周期性变化，这种变化如果出现紊乱，就容易影响子宫内膜的正常生理过程，进而与巧克力囊肿的发生相关。尤其是对于有内分泌疾病的女性，如甲状腺功能异常等，会进一步干扰内分泌平衡，增加巧克力囊肿的发病可能性。
