膀胱结石的常见原因包括营养因素（经济不发达地区婴幼儿喂养不当、成人长期低蛋白饮食等致尿液成分异常易引发）、下尿路梗阻（良性前列腺增生、尿道狭窄、膀胱颈部梗阻致尿液潴留易形成结石）、膀胱异物（膀胱内异物作为核心促使矿物质沉积形成结石）、尿路感染（细菌等作核心且改变尿液成分易形成结石）、代谢性因素（高钙尿症、高草酸尿症、尿酸代谢异常致尿液成分改变易形成结石）。
在一些经济不发达地区，婴幼儿若喂养不当，缺乏足够的营养成分，尤其是缺乏维生素A等营养物质，可能影响尿液成分以及膀胱内的生理环境，增加膀胱结石形成风险。例如，长期以精制米面为主食，而缺乏富含维生素等营养的食物，会使尿液中某些成分改变，容易促使结石物质沉积。对于儿童来说，营养不均衡是较为常见的引发膀胱结石的因素之一，因为儿童处于生长发育阶段，对营养的需求相对特殊且敏感。
成人如果长期低蛋白饮食等不合理的营养状况，也可能导致尿液成分异常，进而增加膀胱结石形成几率。
下尿路梗阻：
良性前列腺增生：中老年男性是良性前列腺增生的高发人群，随着年龄增长，前列腺逐渐增生，会导致尿道狭窄，尿液排出受阻，尿液在膀胱内长时间潴留，使得尿液中的晶体物质容易沉积，久而久之形成结石。据相关研究，良性前列腺增生患者发生膀胱结石的概率明显高于前列腺正常的人群。
尿道狭窄：多种原因可引起尿道狭窄，如尿道外伤修复后、尿道炎症等，尿道狭窄会阻碍尿液顺利排出，膀胱内尿液滞留，尿液中的杂质就容易沉淀形成结石。例如，有尿道外伤病史的患者，在外伤恢复后可能出现尿道狭窄情况，进而增加膀胱结石发生风险。
膀胱颈部梗阻：如先天性膀胱颈部梗阻等情况，会使膀胱出口梗阻，尿液排出不畅，尿液在膀胱内积聚，为结石形成创造条件。
膀胱异物：
膀胱内进入异物，如留置的尿管、子弹头、蜡块等，异物可作为核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。例如，曾经有因留置尿管时间过长且护理不当，导致膀胱内形成结石的病例报道，异物在膀胱内刺激膀胱黏膜，同时改变尿液流动状态，使得结石易于形成。
尿路感染：
泌尿系统发生感染时，细菌、坏死组织等可作为结石的核心，同时感染会引起尿液成分改变，使尿液中的晶体物质更容易析出。例如，变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等晶体沉淀，从而形成结石。对于儿童来说，尿路感染如果未得到及时有效的治疗，也可能增加膀胱结石的发生风险，因为儿童泌尿系统相对脆弱，感染后更易影响尿液环境。
代谢性因素：
高钙尿症：某些疾病或代谢异常可导致尿液中钙含量升高，如原发性甲状旁腺功能亢进症患者，甲状旁腺激素分泌异常，会使血钙升高，尿钙也随之增加，尿液中钙浓度过高，容易形成含钙的结石。
高草酸尿症：摄入过多富含草酸的食物，或者体内草酸代谢异常，都可导致尿液中草酸含量升高。例如，长期大量食用菠菜等富含草酸的蔬菜，会使尿液中草酸水平升高，草酸与钙结合形成草酸钙结石的风险增加。
尿酸代谢异常：尿酸排泄增多或尿酸生成过多时，尿液中尿酸浓度升高，在膀胱内酸性环境下，尿酸容易沉淀形成尿酸结石。如痛风患者，由于尿酸代谢紊乱，尿液中尿酸含量高，若同时存在尿液排出不畅等情况，就容易引发膀胱结石。
