卵巢囊肿分为生理性和病理性。生理性包括卵泡囊肿（卵泡未正常破裂排卵致卵泡液积聚形成，与内分泌周期变化相关，多可自行消失）和黄体囊肿（排卵后黄体血肿未及时吸收形成，大小差异大，也有自行消退可能，与黄体期激素及局部血管因素有关）；病理性包括子宫内膜异位囊肿（子宫内膜组织异位卵巢周期性出血形成，常见于有子宫内膜异位症病史女性，与异位内膜种植生长及激素影响有关）、浆液性囊腺瘤（可能与卵巢表面生发上皮向输卵管上皮化生致异常增殖有关）、黏液性囊腺瘤（卵巢表面上皮-间质转化异常致黏液性细胞异常增殖分泌黏液积聚形成）、卵巢冠囊肿（中肾管或副中肾管遗迹异常形成，与胚胎发育组织分化异常有关）、畸胎瘤（胚胎发育生殖细胞迁移异常致异位残留生殖细胞多向分化形成，含多胚层组织，各年龄均可发生，与胚胎早期生殖细胞异常分化有关）
一、生理性卵巢囊肿的形成
1.卵泡囊肿形成：正常情况下，卵巢内的卵泡会发育成熟并排卵。如果卵泡没有正常破裂排卵，卵泡液积聚在卵泡内，就会形成卵泡囊肿。一般来说，这种情况多发生在育龄女性的正常生理周期中，通常直径多在2-3厘米左右，多数可在2-3个月经周期内自行消失，与女性的内分泌周期变化密切相关，受体内激素水平波动影响。
2.黄体囊肿形成：排卵后，卵泡壁会塌陷形成黄体。如果黄体血肿没有及时吸收，血液积聚在黄体内就会形成黄体囊肿。黄体囊肿的大小差异较大，有的较小，有的可能直径达到5厘米甚至更大。育龄女性在排卵后较易出现黄体囊肿，一般也有自行消退的可能，与黄体期的激素变化以及局部血管因素等有关。
二、病理性卵巢囊肿的形成
1.子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）形成：子宫内膜组织出现在卵巢上，这些异位的内膜组织会像正常子宫内膜一样，随着月经周期出现周期性出血，血液积聚在卵巢内形成囊肿，囊肿内容物类似巧克力样糊状。这种情况在有子宫内膜异位症病史的女性中较为常见，尤其是生育年龄的女性，与子宫内膜异位症的发病机制相关，异位的内膜细胞种植到卵巢部位并生长，受女性体内雌激素等激素影响不断发展。
2.浆液性囊腺瘤形成：可能与卵巢表面的生发上皮向输卵管上皮化生有关。生发上皮在一些因素作用下发生异常增殖，形成浆液性囊腺瘤。这种肿瘤性的囊肿可发生在不同年龄的女性身上，其具体的发病机制尚不完全明确，但与卵巢上皮细胞的异常增殖分化有关，可能涉及到基因等多方面的变化。
3.黏液性囊腺瘤形成：通常认为是由于卵巢表面上皮-间质转化异常导致。黏液性细胞异常增殖并分泌黏液，积聚形成黏液性囊腺瘤。各年龄段女性均可发病，其发生发展与卵巢上皮细胞的功能异常及细胞增殖调控失衡等因素相关。
4.卵巢冠囊肿形成：是中肾管或副中肾管遗迹发生的囊肿。中肾管在胚胎发育过程中有一定的演变过程，若遗迹发生异常形成囊肿，就称为卵巢冠囊肿。其形成与胚胎发育时期中肾管等结构的残余异常有关，一般多见于生育年龄女性，具体的发生机制与胚胎发育过程中的组织分化异常相关。
5.畸胎瘤形成：来源于生殖细胞，可能是在胚胎发育时期，生殖细胞迁移过程中出现异常，部分生殖细胞异位残留，这些异位的生殖细胞具有多向分化潜能，在卵巢内逐渐分化形成畸胎瘤。畸胎瘤可含有外胚层、中胚层、内胚层来源的组织，如毛发、牙齿、骨骼等成分，各年龄女性均可发生，与胚胎早期生殖细胞的异常分化有关。
