慢性膀胱炎的病因包括细菌感染和非细菌性因素。细菌感染方面，大肠埃希菌等常见致病菌易引发，变形杆菌、克雷伯菌及结核分枝杆菌等特殊病原体也可导致；非细菌性因素有膀胱结石或异物刺激膀胱黏膜、膀胱黏膜病变（如间质性膀胱炎）、神经源性膀胱致尿液潴留、长期用免疫抑制剂或免疫缺陷致免疫力低、不良生活方式（长期饮水少、憋尿）等。
一、细菌感染
1.大肠埃希菌等常见致病菌：大肠埃希菌是引起慢性膀胱炎较常见的细菌，它可通过尿道逆行进入膀胱引发感染，女性由于尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易受到大肠埃希菌等致病菌的侵袭，尤其是在性生活后等情况时，细菌更易侵入膀胱导致感染，若急性膀胱炎未彻底治愈，细菌持续存在也可转为慢性膀胱炎。对于儿童来说，不注意会阴部卫生等也可能增加细菌感染引发慢性膀胱炎的风险。
2.其他病原体：变形杆菌、克雷伯菌等也可能引起慢性膀胱炎，一些特殊病原体如结核分枝杆菌引起的膀胱结核也会导致慢性膀胱炎，这在有结核病史或接触史的人群中需特别警惕，结核分枝杆菌引起的膀胱炎往往病程较长，且有其特殊的病理改变等。
二、非细菌性因素
1.膀胱结石或异物：膀胱结石会反复刺激膀胱黏膜，导致膀胱黏膜损伤，容易引发细菌感染并迁延不愈形成慢性膀胱炎。例如膀胱内存在小的结石颗粒，长期摩擦膀胱壁，使膀胱黏膜防御功能受损，细菌容易定植繁殖。对于有膀胱异物的情况，如留置导尿管时间过长等，异物会成为细菌滋生的场所，破坏膀胱的正常防御机制，从而引发慢性膀胱炎，在儿童中如果有不恰当的尿道异物塞入等情况也可能导致类似问题。
2.膀胱黏膜病变：一些自身免疫性疾病可能累及膀胱黏膜，如间质性膀胱炎，其具体发病机制尚不十分明确，但可能与膀胱黏膜的自身免疫反应有关，患者膀胱黏膜存在炎症性改变，表现为膀胱容量减小等，长期处于炎症状态可发展为慢性膀胱炎。在不同年龄和性别中，间质性膀胱炎的发病情况有所不同，女性相对更常见一些，而儿童也可能有特殊类型的膀胱黏膜病变导致慢性膀胱炎，但相对较少见。
3.神经源性膀胱：神经系统病变可引起神经源性膀胱，如脊髓损伤、糖尿病神经病变等，导致膀胱排尿功能障碍，尿液潴留，有利于细菌生长繁殖，进而引发慢性膀胱炎。例如脊髓损伤患者，由于支配膀胱的神经功能受损，膀胱不能完全排空，尿液残留易滋生细菌，长期下去就容易形成慢性膀胱炎。在糖尿病患者中，长期高血糖状态可引起神经病变，若累及膀胱神经，也会出现膀胱排尿异常，增加慢性膀胱炎的发生风险，不同年龄段的糖尿病患者都可能面临这样的问题，儿童中神经源性膀胱相对少见，但也可能因先天性神经系统发育异常等导致。
4.长期使用免疫抑制剂或存在免疫缺陷：长期使用免疫抑制剂的患者，如器官移植后需长期服用免疫抑制剂的患者，其机体免疫力低下，容易发生各种感染，包括膀胱的慢性感染。免疫缺陷患者，如艾滋病患者，由于免疫系统严重受损，对病原体的抵抗力极弱，也容易反复发生膀胱炎且转为慢性。在不同年龄的免疫抑制剂使用者或免疫缺陷患者中，都可能受到慢性膀胱炎的困扰，儿童免疫缺陷相对较少见，但也有因先天性免疫缺陷疾病导致的情况。
5.不良生活方式：长期饮水过少会使尿液生成减少，尿液对膀胱的冲刷作用减弱，细菌容易在膀胱内定植。例如一些工作繁忙的人群，为了减少上厕所次数而长时间不喝水，就增加了慢性膀胱炎的发病风险。长期憋尿也是一个重要因素，憋尿时膀胱内压力增高，膀胱黏膜血流减少，防御能力下降，细菌容易侵入并留存。无论是儿童、成年人还是老年人，不良生活方式都是慢性膀胱炎的诱发因素，儿童如果家长没有培养其良好的排尿习惯，也可能因憋尿等不良生活方式增加患病风险。
