心智发育迟缓受遗传、母体、分娩及出生后等多因素影响。遗传因素包括染色体异常（如21-三体综合征）和单基因遗传病（如苯丙酮尿症）；母体因素有妊娠期感染（如风疹病毒感染）、吸烟酗酒、营养不良等；分娩因素包含早产和难产致胎儿脑部缺氧缺血；出生后因素涉及脑部感染、脑部外伤、严重全身性疾病（如胆红素脑病、严重营养不良、缺氧缺血性脑病等）。
单基因遗传病：某些单基因的突变也会导致心智发育迟缓。例如苯丙酮尿症，是由于苯丙氨酸羟化酶基因缺陷，使得苯丙氨酸不能正常代谢，大量蓄积的苯丙氨酸及其代谢产物会损害神经系统，影响大脑的发育，从而引发心智发育迟缓。这类遗传病具有家族遗传倾向，若家族中有相关病史，后代患病风险会增加，胎儿在胚胎发育阶段就受到基因缺陷的影响，导致神经系统发育异常。
母体因素
妊娠期感染：孕期母亲感染风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等病原体。比如孕期感染风疹病毒，病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿的神经系统发育，导致胎儿大脑发育受损，出生后出现心智发育迟缓。研究表明，孕期感染风疹病毒的胎儿，发生心智发育迟缓的概率显著高于未感染的胎儿，感染发生的时间越早，对胎儿神经系统发育的影响越严重。
妊娠期其他不良因素：孕妇妊娠期大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精中的乙醇等有害物质可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育。吸烟会导致胎盘血管痉挛，减少胎儿的血液供应和营养物质供应，影响胎儿大脑的发育；酗酒则会直接损害胎儿的神经系统，影响大脑细胞的增殖、分化和迁移等过程，从而引发心智发育迟缓。另外，孕妇妊娠期长期处于营养不良状态，缺乏必要的营养物质如叶酸、蛋白质等，也会影响胎儿的大脑发育，导致心智发育迟缓。叶酸缺乏可能会引起神经管畸形等问题，进而影响神经系统的发育，蛋白质缺乏会影响胎儿大脑组织的构建和功能完善。
分娩因素
早产：早产儿由于胎龄不足，各器官系统尤其是神经系统发育尚未成熟。早产儿的大脑重量较轻，脑细胞数量和体积都相对不足，神经突触的形成和连接不完善，容易出现心智发育迟缓。研究显示，胎龄越小，出生体重越低的早产儿，发生心智发育迟缓的风险越高。例如，胎龄小于32周的早产儿，心智发育迟缓的发生率明显高于足月儿，且可能伴随认知、语言、运动等多方面的发育落后。
难产：分娩过程中出现难产情况，如胎儿窘迫、产程过长等，会导致胎儿脑部缺氧缺血。脑部缺氧缺血会损伤神经细胞，影响大脑的正常功能和发育。长时间的缺氧缺血可能导致脑细胞凋亡、坏死，影响神经系统的发育进程，出生后表现为心智发育迟缓，可能出现认知障碍、运动协调困难、语言发育迟缓等问题。
出生后因素
脑部感染：出生后婴幼儿时期患脑炎、脑膜炎等脑部感染性疾病。例如化脓性脑膜炎，细菌感染引起的炎症会直接破坏脑组织，影响大脑的结构和功能，导致心智发育迟缓。感染引发的炎症反应会释放多种炎性介质，损伤神经细胞和神经纤维，影响神经信号的传递和大脑的发育，患病后如果没有得到及时有效的治疗，很容易遗留心智发育迟缓等后遗症。
脑部外伤：婴幼儿时期头部受到严重外伤，如车祸、高处坠落等导致的颅脑损伤。脑部外伤会造成脑组织的挫伤、出血、水肿等，破坏大脑的正常结构和功能，影响神经系统的发育和功能发挥，从而出现心智发育迟缓。外伤的严重程度不同，对心智发育的影响程度也不同，严重的颅脑外伤可能会导致永久性的心智发育迟缓，影响孩子的认知、行为等多方面的发展。
严重的全身性疾病：出生后患严重的全身性疾病，如新生儿黄疸导致胆红素脑病。胆红素过高可透过血-脑屏障，损害基底神经节、海马等部位的神经细胞，影响大脑的发育和功能，进而引发心智发育迟缓。如果新生儿黄疸治疗不及时，胆红素水平持续升高，就容易发生胆红素脑病，对孩子的神经系统造成不可逆的损伤，导致心智发育迟缓等长期后遗症。此外，严重的营养不良、缺氧缺血性脑病等全身性疾病也会影响孩子的心智发育，长期的营养不良会导致大脑缺乏必要的营养物质供应，影响神经细胞的生长和发育；缺氧缺血性脑病会再次造成脑部的缺氧缺血损伤，影响大脑的正常发育进程。
