鼻窦囊肿的症状有鼻部症状、面部症状、眼部症状、全身症状等。
1.鼻部症状
囊肿增大可能阻塞鼻窦开口，导致鼻窦引流不畅，引起鼻塞，一般为单侧，程度因囊肿大小而异。还可能出现流涕，多为黏脓性或脓性，有时囊肿破裂，会有黄色清亮液体自鼻腔流出。部分患者会有嗅觉减退，这是由于囊肿压迫嗅区黏膜或阻塞气流到达嗅区所致。
2.面部症状
鼻窦与面部相邻，囊肿较大时可压迫面部，导致面部胀满感或疼痛感，尤其在晨起时较为明显。如果囊肿位于额窦，可能出现前额部胀痛；位于上颌窦，面颊部会有闷胀不适。长期压迫还可能造成面部外观改变，如面部隆起，多见于上颌窦囊肿。
3.眼部症状
当囊肿压迫眼眶时，可能引起眼部症状。如眼球移位，囊肿压迫眼球可使其向外、向上或向下移位，影响眼球运动，出现复视。还可能导致视力下降，严重时可引起失明，这是因为囊肿压迫视神经，影响其血液供应和传导功能。
4.全身症状
鼻窦囊肿引发的头痛较为常见，疼痛部位和时间有一定特点。额窦囊肿多在晨起时头痛明显，逐渐加重，午后减轻；上颌窦囊肿的头痛多在面颊部，晨起时较轻，午后加重。头痛的程度与囊肿大小、对周围组织的压迫程度有关。
部分患者会感到头晕，可能是由于鼻窦囊肿影响了鼻窦的正常生理功能，导致鼻窦内压力变化，进而影响内耳的平衡功能。
当囊肿合并感染时，可能出现发热症状，体温可轻至中度升高，同时伴有全身乏力、食欲减退等症状。
