有的肛瘘需要二次手术可能与复杂肛瘘因素、内口处理不当、术后感染、括约肌保护与复发等原因有关。
1.复杂肛瘘因素
复杂肛瘘的瘘管分支多且走行复杂，在首次手术中可能难以完全探查清楚所有的瘘管分支。例如马蹄形肛瘘，其瘘管围绕肛管呈马蹄形分布，手术时可能存在一些细小的分支瘘管隐藏在组织深处，未被发现和处理，术后这些残留的瘘管就会继续感染化脓，导致肛瘘复发，需要二次手术。
2.内口处理不当
内口是肛瘘感染的源头，如果在首次手术中内口定位不准确或处理不彻底，会导致肛瘘复发。一些内口位置较深或隐蔽，不易被发现，手术时可能只处理了表面的瘘管，而未找到真正的内口，使得感染持续存在。另外，内口处理方式不当，如结扎不紧或过早脱落，也会影响手术效果，需要再次手术处理内口。
3.术后感染
肛瘘手术后，如果患者不注意肛门局部卫生，排便后没有及时清洁，容易导致创口感染。此外，患者自身免疫力低下，如患有糖尿病、艾滋病等全身性疾病，或者长期使用免疫抑制剂，会影响创口的愈合，增加感染的风险。感染会导致局部组织炎症反应加重，使已经愈合的创面再次破溃，形成新的瘘管，从而需要二次手术。
4.括约肌保护与复发
在手术过程中，为了避免肛门括约肌损伤导致肛门失禁，医生可能会采取较为保守的手术方式。但这种方式可能无法彻底切除病变组织，导致肛瘘残留。尤其是对于一些高位肛瘘，手术既要切除病灶又要保护肛门功能，难度较大，术后复发的可能性相对较高，可能需要二次手术来进一步处理。
