先天性心脏病房间隔缺损能否自愈取决于缺损大小、位置及患者年龄，部分小型缺损可能自愈，而较大缺损通常需医疗干预。
缺损直径小于5毫米的继发孔型房间隔缺损，尤其是位于房间隔中心部位的，在婴幼儿期（特别是1岁以内）有自然闭合的可能，概率不超过20%。这类患儿通常无明显症状，需每3-6个月复查心脏超声，监测缺损变化。
然而，直径超过8毫米的缺损、原发孔型缺损或静脉窦型缺损，因解剖位置特殊或分流严重，几乎无法自愈。较大缺损会导致左向右分流，增加右心负荷，可能引发活动耐力下降、反复呼吸道感染等症状，若不及时干预，可能发展为肺动脉高压、心房颤动等并发症。
对于可能自愈的小型缺损，需定期随访并避免剧烈运动；无法自愈的缺损则需在3-5岁前通过介入封堵或外科手术矫正，以防止病情进展。
