肛瘘有局部疼痛、瘙痒、肛周肿物、流脓及全身症状等感觉表现，静止期疼痛不明显，感染或引流不畅时疼痛明显；分泌物刺激致肛周瘙痒，搔抓可加重病情；可触及条索状肿物致肛周不适；外口间断流脓性分泌物，量多少不一，潮湿皮肤易引发瘙痒等；单纯性肛瘘全身症状不明显，复杂性感染成脓肿时可出现发热等全身症状，全身症状明显时肛瘘多为严重感染状态需及时就医。
局部疼痛
一般处于静止期时疼痛不明显。当瘘管通畅时，可能仅有轻微坠胀感，但当瘘管感染或脓液引流不畅时，会出现明显疼痛。对于儿童患者，由于表达能力相对较弱，可能会表现出哭闹不安等异常行为，而成年患者则能明确诉说疼痛。不同性别在疼痛耐受上有差异，但本质是瘘管内炎症刺激周围组织导致。生活方式方面，如果患者长时间久坐、久站，会加重局部血液循环不畅，使疼痛可能更明显。有肛瘘病史的患者再次发作时，疼痛往往比初次发作时可能更敏感。
疼痛程度可轻可重，轻度疼痛可能仅表现为局部的隐痛、胀痛，重度疼痛则可为跳痛、刺痛等，疼痛性质多样，会影响患者的日常活动，如行走、坐立等。
瘙痒
肛瘘外口会持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，这些分泌物刺激肛周皮肤，会引起瘙痒不适。无论是儿童还是成人，都会感到肛周皮肤瘙痒难忍，尤其在夜间或安静时瘙痒感可能更明显。女性患者由于会阴部生理结构特点，可能因分泌物刺激导致局部瘙痒情况相对更复杂。生活方式上，如果患者不注意肛周清洁卫生，会加重瘙痒症状。有肛瘘病史且不注意护理的患者，瘙痒往往更容易反复发作。
瘙痒会导致患者不断搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能会引起皮肤破损、继发感染等情况，进一步加重病情。
肛周肿物
可在肛周触及到条索状的肿物，按压时可能有轻度疼痛。对于儿童患者，家长可能会发现孩子肛周有异常肿物，而成年患者自己也能察觉到肛周有异物感。不同性别在触摸感知肿物时的表现差异不大，但儿童由于皮肤较薄，可能更容易触摸到肿物。生活方式中，如果患者经常腹泻或便秘，可能会影响肛周局部状态，使肿物相关症状有所变化。有肛瘘病史的患者，其肛周肿物情况可能与肛瘘的发展阶段有关，如肛瘘处于活动期时，肿物可能更明显。
肿物的存在会让患者感觉肛周不适，影响患者的坐姿、行走等姿势，进而对日常生活产生一定影响。
流脓
肛瘘外口会间断性流出少量脓性分泌物，分泌物的量多少不一。儿童患者可能不太能准确描述流脓情况，但家长可能会发现孩子内裤上有异常的分泌物痕迹。女性患者由于会阴部环境相对特殊，流脓情况可能会对其卫生护理带来更多困扰。生活方式上，如果患者身体抵抗力下降，流脓情况可能会加重，分泌物量增多。有肛瘘病史的患者，在疾病发作期流脓往往更明显，而在缓解期可能分泌物量减少。
流脓会使肛周皮肤处于潮湿状态，容易引发上述的瘙痒等问题，形成恶性循环，影响患者的生活质量。
全身症状
一般单纯性肛瘘全身症状不明显，但当肛瘘复杂性感染、形成脓肿时，可能会出现发热、寒战等全身症状。儿童患者由于免疫系统发育尚未完善，发生感染时全身症状可能更明显，如发热可能较为高热，且更容易出现精神萎靡等情况。成年患者在出现全身症状时，可能会感觉乏力、食欲减退等。不同性别在全身症状的表现上差异不大，但女性在月经期间身体抵抗力相对下降，可能更容易出现全身症状加重的情况。生活方式中，如果患者过度劳累，会降低身体抵抗力，使全身症状更容易出现。有肛瘘病史且身体基础状况较差的患者，更容易在肛瘘发作时出现明显的全身症状。
全身症状的出现意味着肛瘘可能处于较严重的感染状态，需要及时就医处理，否则可能会导致感染扩散等更严重的并发症。
