卵巢囊肿分为生理性和病理性，生理性卵巢囊肿中卵泡囊肿因卵泡未正常破裂排卵形成，黄体囊肿因黄体血肿液化直径大于3厘米而成；病理性卵巢囊肿里，子宫内膜异位囊肿与经血中内膜细胞种植及免疫因素有关，浆液性和粘液性囊腺瘤与上皮细胞异常增生相关，卵巢冠囊肿由中肾管或副中肾管残余组织发展而来，炎性卵巢囊肿由盆腔炎症累及或感染因素导致卵巢炎性改变形成。
一、生理性卵巢囊肿的形成
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵巢中的卵泡会发育成熟并排卵，若卵泡没有正常破裂排卵，持续生长就会形成卵泡囊肿。一般与女性的内分泌状态相关，正常的内分泌调节是卵泡发育、排卵的基础，当内分泌出现轻微波动时，就可能影响卵泡的正常破裂过程，常见于有正常月经周期的女性，尤其在排卵期前后可能更易出现这种生理性的卵泡囊肿变化。
（二）黄体囊肿
卵巢排卵后会形成黄体，正常黄体直径一般小于2-3厘米，如果黄体血肿液化后直径大于3厘米就成为黄体囊肿。这与黄体期的激素变化以及个体的凝血功能等因素有关，部分女性黄体期激素水平波动可能导致黄体形成过程中出现异常，使黄体持续增大形成囊肿，常见于有月经周期的女性，在黄体期较易发生。
二、病理性卵巢囊肿的形成
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.种植学说相关
子宫内膜组织具有异位种植的特性，经血中的子宫内膜细胞可能通过输卵管逆流至盆腔，种植在卵巢表面并生长，随着月经周期反复出血，在卵巢内形成囊肿，囊肿内含有类似巧克力样的陈旧血性液体。这种情况在有月经的女性中较为常见，尤其是有经血逆流倾向、子宫内膜异位症家族史等情况的女性，因为经血逆流是子宫内膜异位种植的重要途径，而一些女性可能存在盆腔解剖结构异常等因素增加经血逆流的概率，从而促进巧克力囊肿的形成。
2.免疫因素影响
机体的免疫功能异常也可能参与巧克力囊肿的形成。正常情况下免疫系统可以识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫功能出现紊乱时，就无法有效清除异位的内膜细胞，导致其在卵巢持续生长形成囊肿。有自身免疫性疾病病史或免疫功能低下的女性相对更容易发生这种情况。
（二）浆液性囊腺瘤
1.上皮细胞异常增生
卵巢表面的生发上皮等上皮细胞出现异常增生，逐渐形成囊腺瘤。具体的细胞增生机制可能与遗传因素、长期的炎症刺激等有关。某些遗传基因突变可能使上皮细胞的生长调控出现异常，而长期的盆腔炎症等刺激也可能导致上皮细胞的异常增殖，从而形成浆液性囊腺瘤，这种情况在各个年龄段有月经的女性都可能发生，但具体的发病风险可能因个体的遗传背景和炎症暴露情况不同而有所差异。
2.粘液性囊腺瘤
同样与上皮细胞的异常变化相关，卵巢的粘液性上皮细胞异常增生并形成囊腺瘤。可能是由于上皮细胞的基因表达改变等原因导致细胞过度分泌粘液等物质，逐渐形成囊肿样结构。其形成也可能受到遗传因素和局部微环境等多种因素影响，有相关家族遗传倾向的女性发生粘液性囊腺瘤的风险相对较高。
（三）卵巢冠囊肿
是由中肾管或副中肾管残余组织发展而来的囊肿。中肾管和副中肾管在胚胎发育过程中会形成女性生殖系统的一部分，在发育过程中如果有残余组织留存，在后天各种因素影响下可能逐渐形成囊肿。这种囊肿的形成与胚胎发育残留组织的后续变化有关，一般在女性的各个年龄段都可能存在，但具体的发生概率和发展情况可能因个体胚胎发育残留组织的差异而不同。
（四）炎性卵巢囊肿
1.盆腔炎症累及
盆腔内的炎症，如输卵管炎、盆腔炎等蔓延至卵巢，导致卵巢发生炎性改变，形成炎性囊肿。例如输卵管炎症可能波及卵巢，使卵巢与周围组织粘连，炎症渗出等形成包裹性积液，进而形成炎性囊肿。有盆腔炎症病史、性生活不洁、多次宫腔操作史等情况的女性更容易发生炎性卵巢囊肿，因为这些因素容易引发盆腔炎症，从而累及卵巢。
2.感染因素
特定的病原体感染卵巢也可能导致炎性囊肿形成，如细菌、支原体、衣原体等感染卵巢组织，引起局部炎症反应，组织充血、水肿、渗出，逐渐形成囊肿样结构。不同病原体感染的风险可能与个体的卫生状况、性生活情况等有关，性生活活跃的女性相对感染相关病原体的风险可能更高一些。
