原发性闭经的原因多样，包括遗传因素如染色体异常（性染色体异常、单基因遗传疾病）、先天性生殖道发育异常（处女膜闭锁、阴道发育异常）、内分泌异常（下丘脑性闭经、垂体性闭经）、其他内分泌疾病（甲状腺疾病、肾上腺疾病）以及其他原因（营养因素、医源性因素）等。
一、遗传因素导致的原发性闭经
（一）染色体异常
1.性染色体异常：最为常见的是特纳综合征，其核型通常为45，XO或其他变异型。此类患者卵巢发育不良，呈条索状，导致雌激素分泌极少，从而引发原发性闭经。例如，研究发现特纳综合征患者由于性染色体异常，影响了性腺的正常分化和发育，使得生殖系统无法正常发挥功能，进而出现原发性闭经的表现。
2.单基因遗传疾病：某些单基因的遗传突变也可导致原发性闭经。比如，与性腺发育相关的基因发生突变，会影响性腺的形成和功能维持。以卵泡刺激素受体基因突变为例，该基因突变可导致卵泡刺激素不能正常发挥作用，影响卵泡的发育成熟，最终引发原发性闭经。
二、先天性生殖道发育异常引起的原发性闭经
（一）处女膜闭锁
处女膜闭锁是由于泌尿生殖窦上皮未能贯穿前庭部所致。青春期后，经血无法排出，积聚在阴道、子宫甚至输卵管，导致周期性下腹痛进行性加重，但无月经来潮。通过妇科检查可发现处女膜膨出，呈紫蓝色。例如，女孩到了青春期，本应来月经却出现下腹部逐渐加重的疼痛，同时检查发现处女膜异常膨出，即可考虑处女膜闭锁导致的原发性闭经。
（二）阴道发育异常
1.先天性无阴道：常合并先天性无子宫或仅有始基子宫，是由于胚胎发育过程中双侧副中肾管发育不全所致。患者表现为原发性闭经，同时伴有性生活困难等问题。通过盆腔检查可发现无阴道或仅为一浅凹状盲端。
2.阴道闭锁：多为阴道下段闭锁，是因泌尿生殖窦未参与形成阴道下段所致。青春期后出现逐渐加重的闭经及下腹痛，妇科检查可触及闭锁部位上方的积血肿块。
三、内分泌异常导致的原发性闭经
（一）下丘脑性闭经
1.中枢神经系统-下丘脑功能异常：过度节食、剧烈运动等导致体重下降和体脂过少，可影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素（GnRH），从而使垂体分泌促性腺激素减少，引发原发性闭经。例如，一些追求身材苗条的少女，长期过度节食，导致体重过低，影响了下丘脑-垂体-性腺轴的正常功能，出现原发性闭经。
2.精神应激：长期的精神紧张、焦虑、压力过大等精神应激因素，可通过大脑皮质-下丘脑途径，影响GnRH的分泌，导致原发性闭经。比如，突然遭遇重大生活事件，如亲人离世等，使少女出现精神应激，进而引发原发性闭经。
（二）垂体性闭经
1.垂体肿瘤：如催乳素瘤，垂体催乳素瘤可分泌大量催乳素，抑制下丘脑GnRH的分泌，进而抑制垂体促性腺激素的分泌，导致性腺功能低下，出现原发性闭经。研究表明，垂体催乳素瘤患者中相当一部分会出现原发性闭经的症状。
2.空蝶鞍综合征：由于蝶鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔流入蝶鞍的垂体窝，使蝶鞍扩大，垂体受压缩小，影响垂体功能，导致促性腺激素分泌减少，引起原发性闭经。
四、其他内分泌疾病导致的原发性闭经
（一）甲状腺疾病
1.甲状腺功能减退：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，可影响下丘脑-垂体-性腺轴的功能，导致促性腺激素分泌异常，引发原发性闭经。例如，甲状腺功能减退患者由于代谢率降低，内分泌调节紊乱，使得性腺轴功能受到抑制，出现原发性闭经。
2.甲状腺功能亢进：甲状腺功能亢进时，过量的甲状腺激素可影响性激素结合球蛋白的水平，改变性激素的代谢，进而影响性腺轴功能，导致原发性闭经。
（二）肾上腺疾病
1.先天性肾上腺皮质增生：常染色体隐性遗传病，由于肾上腺皮质激素合成过程中某些酶的缺乏，导致皮质醇合成减少，促肾上腺皮质激素（ACTH）分泌增加，刺激肾上腺皮质增生，雄激素分泌过多。患者表现为原发性闭经，同时伴有男性化表现，如多毛、痤疮、声音低沉等。例如，21-羟化酶缺乏是最常见的先天性肾上腺皮质增生类型，由于酶缺乏，雄激素合成增多，影响了生殖系统的正常发育，导致原发性闭经。
五、其他原因引起的原发性闭经
（一）营养因素
长期营养不良，如蛋白质、维生素等摄入不足，会影响性腺轴的正常功能，导致原发性闭经。例如，一些贫困地区的少女由于饮食中营养成分缺乏，无法满足身体正常生长发育和内分泌调节的需求，容易出现原发性闭经。
（二）医源性因素
1.放疗、化疗：盆腔部位的放疗或化疗可破坏卵巢组织，导致卵巢功能衰竭，引起原发性闭经。比如，患有恶性肿瘤的少女接受盆腔放疗或化疗后，可能会出现卵巢功能受损，出现原发性闭经的情况。
2.药物影响：某些药物长期使用也可能导致原发性闭经，如抗精神病药物等。这些药物可能通过影响下丘脑-垂体-性腺轴的功能来导致闭经。
