治疗肛瘘的药物有高锰酸钾溶液、甲硝唑栓、头孢克肟分散片、康复新液等，患者应严格遵医嘱用药。
1.高锰酸钾溶液
属外用消毒剂，需按1:5000比例稀释后坐浴，能清洁肛瘘外口及肛周皮肤，抑制细菌繁殖，减轻局部炎症、红肿与疼痛，主要用于肛瘘非手术期护理或术后辅助清洁，注意浓度不可过高，避免灼伤皮肤。
2.甲硝唑栓
为外用抗菌栓剂，通过直肠给药，可作用于肛瘘内的厌氧菌（如脆弱拟杆菌），抑制细菌DNA合成以杀灭病原体，缓解肛瘘引发的感染、流脓症状，常作为肛瘘急性感染期或手术前的辅助治疗，需遵医嘱按疗程使用。
3.头孢克肟分散片
属于口服第三代头孢菌素类抗生素，对肛瘘感染相关的革兰氏阴性菌（如大肠埃希菌）和部分革兰氏阳性菌有抗菌活性，能控制局部感染扩散，减轻炎症反应，多用于肛瘘急性发作、伴有明显红肿疼痛时，需注意过敏风险，对头孢类过敏者禁用。
4.康复新液
是外用中成药，主要成分是美洲大蠊干燥虫体提取物，具有通利血脉、养阴生肌的作用，可用于肛瘘术后创面冲洗或湿敷，能促进创面肉芽组织生长，加速伤口愈合，减少术后感染与瘢痕形成，也可用于非手术期缓解局部黏膜损伤。
