1.疼痛
疼痛为主要症状，较初表现为肛门周围持续性胀痛，活动、坐下或排便时疼痛加剧。若脓肿位置较深，疼痛可能为坠胀感，程度相对较轻，但持续存在。疼痛程度因脓肿大小、位置而异，小儿可能因疼痛而哭闹、烦躁不安，拒绝坐立。
2.肿胀
肛门周围可出现明显的肿胀，皮肤发红，触之有硬块。浅部脓肿皮肤红肿范围较局限，深部脓肿局部红肿可能不明显，但可伴有患侧臀部或会阴区弥漫性肿胀。
3.波动感
当脓肿形成一定时间后，可触及波动感，提示脓肿内有脓液积聚。浅部脓肿波动感较明显，深部脓肿波动感可能不典型，需要有经验的医生进行检查判断。
4.破溃流脓
若脓肿未经及时治疗，可能自行破溃，流出黄色、稠厚的脓液。破溃后疼痛可暂时缓解，但可能导致感染扩散。
5.发热
患者可出现不同程度的发热，体温可高达38℃40℃。小儿体温调节中枢发育不完善，更容易出现高热，且可能伴有寒战、乏力等症状。发热程度与脓肿的大小、感染的严重程度有关。
有肛周感染病史、肛瘘、肛裂等肛肠疾病的患者，发生肛门脓肿的风险较高，且症状可能更为复杂。有免疫缺陷疾病如艾滋病、长期使用免疫抑制剂的患者，感染不易控制，全身症状可能更为严重。对于有相关病史的患者，应积极治疗基础疾病，提高机体免疫力。
