完全流产的原因涉及胚胎、母体、外界及父亲等多方面因素。胚胎因素有染色体异常和发育不全；母体因素包括全身性疾病（感染性疾病及其他全身性疾病）、生殖器官异常（子宫畸形、宫腔粘连）、内分泌异常（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、免疫功能异常（自身免疫性疾病、同种免疫异常）；外界因素有化学物质和物理因素；父亲因素有精子质量问题。
胚胎发育不全：如精子或卵子质量不佳，会影响胚胎的正常发育。精子方面，长期接触有害物质（如重金属、农药等）、吸烟、酗酒等不良生活方式会降低精子质量，增加胚胎发育异常风险；卵子方面，女性年龄是一个重要因素，随着年龄增长，卵子质量逐渐下降，35岁以上女性卵子染色体异常发生率明显升高，这也是该年龄段流产率相对较高的原因之一。
母体因素
全身性疾病：
感染性疾病：孕妇感染某些病原体，如细菌、病毒等可引起流产。例如，孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，这些病毒可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎正常发育，导致流产。据统计，孕期感染风疹病毒的孕妇，流产发生率可高达20%-40%。
其他全身性疾病：患有严重贫血、心力衰竭、高血压、慢性肾炎等疾病的孕妇，由于身体机能处于较差状态，无法为胚胎提供良好的生长环境，也容易发生流产。例如，高血压孕妇由于血管痉挛，胎盘供血不足，影响胚胎营养供应，增加流产风险。
生殖器官异常：
子宫畸形：如子宫纵隔、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育。子宫纵隔会占据宫腔空间，使胚胎可供生长的空间受限；双角子宫由于子宫底部畸形，宫腔容积相对较小，不利于胚胎的正常发育，从而增加流产几率。
宫腔粘连：多由于宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜，导致宫腔部分或全部粘连，宫腔环境改变，影响胚胎着床和发育，引发流产。
内分泌异常：
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能满足胚胎着床和发育的需求，从而导致流产。据报道，约30%-40%的习惯性流产与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致代谢率降低，影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平会刺激子宫收缩，增加流产风险。
免疫功能异常：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，孕妇体内存在自身抗体，这些抗体可通过影响胎盘功能、损伤胚胎组织等方式导致流产。研究发现，患有系统性红斑狼疮的孕妇流产发生率明显高于正常人群。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎，引发流产。例如，夫妻双方人类白细胞抗原（HLA）相容性过高，可能导致母体对胚胎的免疫排斥反应增强，增加流产风险。
外界因素
化学物质：孕妇长期接触铅、汞、苯、甲醛等化学物质，这些物质可通过胎盘进入胚胎体内，干扰胚胎的正常发育过程，导致流产。例如，在橡胶、油漆、化妆品等行业工作的孕妇，由于长期接触相关化学物质，流产风险会显著增加。
物理因素：过多接触放射线、高温等物理因素也可能引起流产。例如，孕妇在不知情的情况下接受了X线检查，或者长期处于高温环境中（如桑拿、高温车间工作等），都可能对胚胎造成不良影响，导致流产。一般来说，孕妇腹部接受50mGy以上的辐射剂量就可能增加流产风险。
父亲因素
精子质量问题：父亲的精子染色体异常、精子活力低下等也与流产有关。有研究表明，精子DNA碎片率过高的男性，其配偶流产发生率明显升高。精子染色体异常可通过受精传递给胚胎，导致胚胎发育异常而流产；精子活力低下则会影响精子与卵子的结合以及胚胎的早期发育。
