慢性肠炎的引发因素包括感染因素（细菌、病毒、寄生虫感染）、肠道自身免疫因素（自身免疫性肠炎、免疫功能异常）、饮食因素（长期不合理饮食、食物过敏）、其他因素（遗传因素、肠道菌群失调、精神心理因素）。
病毒感染：轮状病毒、诺如病毒等病毒感染肠道后，也可能导致肠道出现慢性炎症。病毒感染往往具有一定的季节性，在儿童和免疫力较低的人群中更为常见。病毒会持续损伤肠道黏膜，使得肠道的正常功能受到影响，进而引发慢性肠炎。
寄生虫感染：如阿米巴原虫、血吸虫等寄生虫感染肠道，可引起肠道的慢性炎症。寄生虫在肠道内寄生繁殖，会破坏肠道黏膜结构，导致肠道炎症持续存在。例如，血吸虫感染在一些特定的流行地区较为常见，长期的血吸虫感染会使肠道反复受到刺激，引发慢性肠炎。
肠道自身免疫因素
自身免疫性肠炎：某些自身免疫性疾病可累及肠道，引发慢性肠炎。例如克罗恩病，是一种原因不明的自身免疫性肠道炎症性疾病，可累及胃肠道的任何部位，从口腔至肛门，主要病理特征为肠道的非特异性炎症、肉芽肿形成等。其发病机制与自身免疫系统错误地攻击肠道组织有关，遗传因素在其中也起到一定作用，有家族遗传倾向的人群患病风险相对较高。在青少年和中青年人群中较为多见。
免疫功能异常：人体整体免疫功能的异常也可能影响肠道，导致慢性肠炎。例如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，容易并发各种机会性肠道感染，进而引发慢性肠炎。此外，一些患有自身免疫性疾病（如类风湿关节炎等）的患者，由于长期使用免疫抑制剂等药物，也可能导致肠道免疫平衡失调，增加慢性肠炎的发生几率。
饮食因素
长期不合理饮食：长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，如大量食用辣椒、油炸食品等，会对肠道黏膜产生持续的刺激，损伤肠道黏膜屏障，导致肠道容易受到细菌等病原体的侵袭，从而引发慢性肠炎。例如，一些长期偏好重口味饮食的人群，患慢性肠炎的概率相对较高。在老年人中，如果长期保持不良的饮食习惯，也容易出现肠道功能紊乱，引发慢性肠炎。
食物过敏：部分人群对某些食物过敏，如对牛奶中的乳糖、海鲜中的某些蛋白质过敏等。当食用过敏食物后，肠道会发生过敏反应，出现炎症性改变，长期反复的食物过敏可导致慢性肠炎。在儿童中，食物过敏引发慢性肠炎的情况较为常见，例如对牛奶蛋白过敏的婴幼儿，若没有及时调整饮食，长期摄入含过敏原的食物，就可能发展为慢性肠炎。
其他因素
遗传因素：某些慢性肠炎具有遗传易感性。例如，一些家族性肠道疾病可能与遗传基因突变有关，使得家族成员更容易患上慢性肠炎。如果家族中有亲属患有克罗恩病等肠道疾病，那么其他家族成员患慢性肠炎的风险会相应增加。遗传因素在疾病的发生发展中起到一定的基础作用，但并非绝对发病因素，还需要结合其他环境等因素共同作用。
肠道菌群失调：正常情况下，肠道内存在着复杂而稳定的菌群平衡，对维持肠道的正常功能至关重要。当肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌增多，会破坏肠道的微生态环境，导致肠道的屏障功能减弱，容易引发慢性炎症。例如，长期大量使用广谱抗生素的人群，由于抗生素在杀灭有害菌的同时也会破坏肠道有益菌，容易出现肠道菌群失调，进而引发慢性肠炎。老年人由于肠道功能逐渐衰退，肠道菌群本身就相对不稳定，更容易发生菌群失调，导致慢性肠炎的发生。
精神心理因素：长期的精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪可影响神经系统对肠道的调节功能，导致肠道蠕动紊乱、消化液分泌失调等，从而引发慢性肠炎。例如，一些长期处于高压工作状态的人群，由于精神压力大，容易出现肠道功能紊乱，增加慢性肠炎的发病风险。在女性群体中，由于情绪相对较为敏感，长期的不良情绪更容易影响肠道功能，引发慢性肠炎。
