腹痛腹泻的病因包括感染性因素和非感染性因素。感染性因素有病毒（诺如、轮状）、细菌（大肠、沙门氏）、寄生虫（阿米巴、贾第虫）感染；非感染性因素有饮食（辛辣油腻刺激、不洁、过敏）、药物、肠道疾病（炎症性肠病、肠易激综合征、肿瘤）、其他系统疾病（甲亢、内分泌紊乱），儿童易脱水需关注，老年人与多种慢病相关，女性经期可能受影响。
细菌感染：大肠杆菌感染较为常见，食用被大肠杆菌污染的食物后可致病，可引起腹痛、腹泻，腹泻多为黏液便或脓血便，部分患者有发热症状。沙门氏菌感染也会导致腹痛腹泻，患者进食被沙门氏菌污染的食物后，一般在12-36小时出现症状，表现为腹痛、腹泻，大便可为稀便、黏液便或脓血便，同时可能伴有发热、恶心、呕吐等。
寄生虫感染：如阿米巴原虫感染，可引起肠道病变，导致腹痛、腹泻，粪便多为暗红色果酱样便，有特殊腥臭味，患者可能伴有消瘦、贫血等表现。贾第虫感染也会引起腹痛腹泻，主要通过污染的水源传播，患者出现腹痛、腹泻，大便多为稀糊状，带泡沫、恶臭，部分患者有腹胀、恶心等症状。
非感染性因素
饮食因素：食用过多辛辣、油腻、刺激性食物，可能刺激胃肠道黏膜，引起胃肠道蠕动加快，导致腹痛腹泻。例如大量食用辣椒后，胃肠道受到刺激，出现腹痛、腹泻症状。进食不洁食物，如变质的食物、被农药污染的蔬菜等，也会引发腹痛腹泻。另外，食物过敏也可导致腹痛腹泻，某些人对牛奶、海鲜等食物过敏，进食后可出现肠道过敏反应，表现为腹痛、腹泻，还可能伴有皮疹、瘙痒等其他过敏症状。
药物因素：某些药物可能引起胃肠道不良反应导致腹痛腹泻，如抗生素，长期或不合理使用抗生素可能引起肠道菌群失调，进而出现腹痛、腹泻，这是因为抗生素在杀灭病原菌的同时，也破坏了肠道正常的菌群平衡。一些化疗药物也可能导致胃肠道黏膜损伤，引起腹痛腹泻。
肠道疾病：
炎症性肠病：克罗恩病可累及胃肠道任何部位，主要症状包括腹痛、腹泻，腹痛多位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，腹泻可为稀便，严重时可为水样便，还可能伴有发热、体重下降等全身症状。溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠，表现为反复发作的腹痛、腹泻，大便多为黏液脓血便，伴有里急后重感，病情严重时可出现贫血、营养不良等。
肠易激综合征：这是一种常见的功能性胃肠病，多见于中青年，女性略多于男性，主要与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调以及精神心理因素等有关。患者表现为腹痛、腹泻，腹痛以下腹和左下腹多见，排便或排气后缓解，腹泻一般为稀糊状或稀水样便，排便次数增多，但粪便中无脓血等器质性病变的证据，常伴有腹胀、排便不尽感等症状，精神紧张、焦虑等情绪因素可诱发或加重症状。
肿瘤：肠道的良恶性肿瘤也可能导致腹痛腹泻，如结肠癌，早期可能表现为腹痛、腹泻与便秘交替，随着病情进展，可出现大便习惯改变、便血、腹部肿块等症状；肠道息肉在较大或数量较多时也可能引起肠道功能紊乱，出现腹痛腹泻等表现。
其他系统疾病：甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，可导致胃肠蠕动加快，出现腹痛、腹泻症状，患者还常伴有多汗、心慌、消瘦等表现。内分泌紊乱如肾上腺皮质功能减退等疾病，也可能影响胃肠道功能，引起腹痛腹泻。
对于儿童患者，腹痛腹泻需要特别关注，因为儿童的消化系统发育尚未完善，更容易出现脱水等并发症。要密切观察儿童的精神状态、尿量等情况，若出现精神萎靡、尿量明显减少等脱水表现，需及时就医。对于老年人，腹痛腹泻可能与多种慢性疾病相关，如心脑血管疾病患者可能因为长期服用药物影响胃肠道，同时老年人自身胃肠功能减弱，更要注意饮食卫生和保暖等。女性在月经期间，盆腔充血等情况可能也会导致胃肠道功能紊乱出现腹痛腹泻等表现，要注意经期护理。
