直肠炎难以治愈可能由多种因素导致，包括病因持续存在，如感染因素未消除、自身免疫因素影响；肠道微环境紊乱，如肠道菌群失调、肠道酸碱度异常；生活方式因素，如饮食不合理、不良排便习惯；患者自身因素，如年龄因素、基础疾病影响、心理因素等。
一、病因持续存在
（一）感染因素未消除
对于细菌感染引起的直肠炎，如痢疾杆菌等感染，如果没有进行彻底的抗感染治疗，病原体持续存在于直肠部位，就会导致炎症难以治愈。例如，一些患者感染痢疾杆菌后，仅使用了较短疗程的抗生素，未能完全清除细菌，直肠黏膜持续受到炎症刺激，炎症就会迁延不愈。
病毒感染也是常见原因，如巨细胞病毒感染引起的直肠炎，机体免疫功能正常情况下能逐步清除病毒，但对于免疫功能低下者，如艾滋病患者等，病毒持续存在，直肠炎难以治愈。
（二）自身免疫因素影响
自身免疫性直肠炎，如溃疡性直肠炎，是由于机体免疫系统错误地攻击直肠黏膜，自身免疫反应持续存在。免疫系统持续处于活跃状态，不断对直肠黏膜进行攻击，导致炎症反复，难以治愈。例如，患者体内的自身抗体持续存在，不断损伤直肠的上皮细胞等组织，使炎症难以消退。
二、肠道微环境紊乱
（一）肠道菌群失调
直肠部位的肠道菌群失衡，有益菌数量减少，有害菌增多。正常肠道菌群对维持肠道黏膜屏障功能、免疫调节等有重要作用，菌群失调时，直肠黏膜的屏障功能受损，容易受到外界刺激，炎症难以修复。比如长期使用广谱抗生素后，肠道正常菌群被大量杀灭，直肠部位菌群失调，炎症持续。
肠道菌群产生的一些代谢产物失衡，也会影响直肠炎症的转归。有益菌产生的短链脂肪酸等对直肠黏膜有保护作用，菌群失调时短链脂肪酸等减少，直肠黏膜的营养供应和修复受到影响，炎症难以治愈。
（二）肠道酸碱度异常
直肠部位的酸碱度如果偏离正常范围，也会不利于炎症的修复。正常情况下肠道有相对稳定的酸碱度，当酸碱度改变时，会影响肠道内各种酶的活性以及微生物的生长繁殖等，进而影响直肠炎的愈合。例如，一些肠道疾病导致肠道酸碱度变化，使得直肠炎症难以消退。
三、生活方式因素
（一）饮食不合理
长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，会持续刺激直肠黏膜，加重炎症反应。比如经常吃辣椒、油炸食品等，这些食物会使直肠黏膜充血、水肿，炎症难以缓解。
过度饮酒也会对直肠黏膜造成损伤，酒精刺激直肠血管，影响局部血液循环，同时抑制肠道的免疫功能，导致直肠炎难以治愈。
（二）不良排便习惯
长期便秘，粪便在直肠内停留时间过长，对直肠黏膜产生持续的机械性刺激，并且粪便中的有害物质会反复刺激直肠，导致炎症难以修复。例如，一些老年人因胃肠蠕动减慢等原因长期便秘，直肠炎容易迁延不愈。
频繁腹泻也会破坏直肠黏膜的完整性，使直肠黏膜不断受到刺激，炎症持续存在。比如患有肠易激综合征的患者频繁腹泻，直肠炎难以治愈。
四、患者自身因素
（一）年龄因素
老年人身体各器官功能衰退，肠道的修复能力下降，对于直肠炎的恢复相对较慢。而且老年人可能合并多种基础疾病，如糖尿病等，影响机体的免疫和修复功能，导致直肠炎难以治愈。
儿童直肠炎相对较少，但儿童肠道功能发育尚未完善，若发生直肠炎，在治疗和恢复过程中也需要关注，由于其自身修复能力相对较弱等因素，也可能出现炎症难以治愈的情况，比如儿童感染性直肠炎，因肠道功能特点，炎症消退相对较慢。
（二）基础疾病影响
患有糖尿病的患者，高血糖环境不利于伤口愈合和炎症消退，直肠黏膜的修复受到影响，所以直肠炎难以治愈。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，直肠炎的病程往往会延长。
患有免疫缺陷疾病的患者，如艾滋病患者，机体免疫功能严重低下，无法有效地对抗病原体和修复受损的直肠黏膜，直肠炎持续不愈。
（三）心理因素
长期的焦虑、抑郁等不良心理状态会影响机体的神经-内分泌-免疫调节网络。例如，长期焦虑会导致机体免疫功能紊乱，影响直肠炎的恢复，使炎症难以治愈。心理压力过大时，体内的一些激素水平改变，也会对直肠黏膜的炎症状态产生不利影响。
