头皮毛囊炎的发生与细菌感染（如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌）、真菌感染（如马拉色菌）、头皮油脂分泌过多、头皮卫生状况不佳、机体免疫力低下、毛发牵拉等多种因素相关，细菌感染时皮肤屏障受损等易致金黄葡萄球菌等入侵，表皮葡萄球菌可因头皮油脂过多繁殖引发炎症；马拉色菌在油脂多环境易繁殖刺激毛囊；青春期等激素致油脂多易堵塞毛囊；不常洗头致污垢等堆积堵塞毛囊；糖尿病等病或服免疫抑制剂致免疫力低易发病；长期扎紧头发致毛囊受损引发。
细菌感染
金黄色葡萄球菌：是引发头皮毛囊炎最常见的病原菌之一。正常情况下，皮肤表面存在一定的菌群平衡，但当头皮皮肤的屏障功能受损时，金黄色葡萄球菌容易侵入毛囊引发感染。例如，长期处于潮湿环境、头皮受到外伤（如搔抓、梳理头发过度用力导致的微小破损等），都可能破坏头皮皮肤的屏障，为金黄色葡萄球菌的入侵创造条件。不同年龄段人群都可能因这类原因发病，儿童活泼好动，头皮容易受到外伤或处于相对潮湿的情况，也较易发生金黄色葡萄球菌感染引起的头皮毛囊炎；成年人若不注意头皮卫生或有不良生活习惯，也可能遭遇此类情况。
表皮葡萄球菌：也是头皮毛囊感染的常见细菌之一，它通常存在于皮肤表面，当头皮局部环境改变时，如油脂分泌过多等，可能大量繁殖并引发毛囊炎症。青少年由于青春期激素水平变化，头皮油脂分泌往往较多，若清洁不及时，表皮葡萄球菌就容易在局部大量滋生，从而增加头皮毛囊炎的发病风险。
真菌感染
马拉色菌：属于条件致病性真菌，在头皮油脂分泌旺盛的人群中容易大量繁殖。马拉色菌可以分解头皮油脂中的甘油三酯，产生游离脂肪酸，刺激毛囊及周围组织，引发炎症反应。油性皮肤的人群相对更容易出现头皮油脂分泌过多的情况，进而为马拉色菌的繁殖提供了有利环境，增加了头皮毛囊炎的发生几率。不同性别都可能受到影响，男性通常雄激素水平相对较高，头皮油脂分泌可能更旺盛，所以男性中因马拉色菌感染导致头皮毛囊炎的情况可能相对较多见；女性若处于特殊生理时期，如孕期、经期等，激素水平变化也可能导致头皮油脂分泌改变，从而增加马拉色菌感染引发头皮毛囊炎的可能性。
头皮油脂分泌过多
青春期人群由于体内激素水平波动，雄激素分泌增加，会使头皮皮脂腺分泌旺盛，过多的油脂容易堵塞毛囊口，为细菌和真菌的滋生创造良好条件，进而引发头皮毛囊炎。例如，很多处于青春期的青少年，头皮油脂分泌明显增多，如果不能及时清洁，就很容易出现头皮毛囊炎。成年人中，长期压力过大、饮食不规律（如过多摄入高糖、高脂肪食物）等因素也可能导致头皮油脂分泌过多，从而增加头皮毛囊炎的发病风险。
头皮卫生状况不佳
不经常洗头会使头皮上的污垢、油脂、皮屑等堆积，这些物质容易堵塞毛囊，为细菌和真菌的生长提供营养物质，进而引发头皮毛囊炎。无论是儿童还是成年人，如果长时间不洗头，都可能面临头皮毛囊炎的风险。儿童可能因为家长照顾不周等原因导致洗头不勤；成年人若因工作繁忙等原因忽视头皮清洁，也容易出现头皮卫生状况不佳的情况，增加头皮毛囊炎的发生概率。
机体免疫力低下
患有某些全身性疾病，如糖尿病，会影响机体的免疫功能，使身体抵抗细菌和真菌的能力下降，容易发生头皮毛囊炎。此外，长期服用免疫抑制剂的人群，由于自身免疫力受到抑制，也更容易受到病原体的侵袭，引发头皮毛囊炎。对于糖尿病患者来说，高血糖环境有利于细菌和真菌的生长繁殖，同时机体的抗感染能力减弱，所以糖尿病患者发生头皮毛囊炎的几率相对较高；而长期服用免疫抑制剂的人群，在用药期间需要特别注意头皮的护理，因为他们的机体免疫力较低，头皮毛囊炎一旦发生可能较难恢复，且容易反复发作。
毛发牵拉
长期扎过紧的头发，如马尾辫、辫子等，会使头发过度牵拉毛囊，导致毛囊受损，容易引发头皮毛囊炎。这种情况在一些需要长期保持特定发型的人群中较为常见，比如一些从事演艺工作的人员，长时间扎紧头发可能增加头皮毛囊炎的发病风险。不同年龄段的人群都可能出现这种情况，儿童如果家长给扎头发过紧也可能导致毛囊受损引发头皮毛囊炎；成年人中因工作或个人喜好长期扎紧头发的也不在少数，都需要注意避免过度牵拉头发。
