导致大便便不净的原因包括肠道疾病、肛门直肠疾病及其他系统疾病。肠道疾病中，感染性肠炎、非感染性肠炎、肠易激综合征、结直肠肿瘤等会引发；肛门直肠疾病里，痔疮、肛瘘、直肠脱垂等可导致；其他系统疾病中，甲状腺功能减退症使代谢减慢致胃肠蠕动减慢，糖尿病致自主神经病变或并发感染致胃肠功能紊乱，均会出现大便便不净情况。
一、肠道疾病相关原因
（一）肠炎
1.感染性肠炎：由病毒（如轮状病毒等）、细菌（如大肠杆菌等）、寄生虫等感染引起。以儿童为例，轮状病毒感染常导致秋季腹泻，除了大便便不净外，还可能伴有腹泻、呕吐、发热等症状；对于成年人，大肠杆菌感染引起的肠炎也会出现大便频繁、不尽感，大便多为黏液便或脓血便。其发病机制是病原体侵袭肠道黏膜，导致肠道黏膜炎症反应，影响肠道的正常消化和吸收功能以及蠕动节律，从而出现大便便不净的感觉。
2.非感染性肠炎：如溃疡性结肠炎，多见于中青年，病程较长，呈反复发作的慢性过程。主要症状为腹泻，大便多为黏液脓血便，伴有里急后重（即大便便不净的一种表现，有强烈的排便意愿，但排便后仍有未尽感），还可伴有腹痛、发热等症状。其发病与自身免疫反应异常有关，肠道免疫系统错误地攻击自身肠道黏膜，引发炎症，导致肠道功能紊乱。
（二）肠易激综合征
这是一种常见的功能性胃肠病，多见于中青年。发病与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调以及精神心理因素等有关。患者会出现腹痛、腹胀，伴有大便习惯改变，可表现为腹泻型肠易激综合征，出现大便频繁、便不净的情况，大便多为糊状，可带有黏液，而无脓血。精神紧张、焦虑等情绪因素往往会诱发或加重症状。
（三）结直肠肿瘤
1.结肠癌：多见于中老年人，随着年龄增长发病风险增加。早期可能无明显症状，随着病情进展，会出现排便习惯改变，如大便次数增多、腹泻与便秘交替出现，还可伴有大便变细、便血、大便便不净等症状。肿瘤生长导致肠道狭窄或刺激肠道黏膜，影响肠道正常的蠕动和排便功能，从而出现上述表现。
2.直肠癌：发病年龄相对结肠癌更趋于中青年，但也可见于老年人。典型症状有便血、大便次数增多、里急后重、大便变细及大便便不净等。肿瘤位于直肠下段，容易刺激直肠肛门部位，导致频繁的便意，但实际排便量少。
二、肛门直肠疾病相关原因
（一）痔疮
1.内痔：尤其是Ⅲ度、Ⅳ度内痔，排便时内痔核脱出肛门外，会刺激肛门直肠部位，导致患者总有大便便不净的感觉，还可伴有便血，便血多为便后滴血或喷射状出血。长期的内痔脱出还可能导致肛门括约肌松弛，进一步加重便不净感。
2.外痔：炎性外痔时，肛门周围的外痔组织发生炎症，会引起肛门坠胀、疼痛，也会有大便便不净的感觉；结缔组织外痔若较大，会影响肛门的正常闭合，导致分泌物溢出，出现便不净感。
（二）肛瘘
肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要症状为肛周反复流脓、肿痛，也可出现大便便不净的情况，因为肛瘘的内口持续刺激直肠黏膜，导致患者总有便意。
（三）直肠脱垂
多见于儿童、老年人及多产妇。直肠黏膜或直肠全层向下移位，脱出肛门外，会刺激肛门直肠，引起排便不尽感，同时可伴有排便困难、便血等症状。儿童直肠脱垂多为黏膜脱垂，常因便秘、腹泻等诱因导致，通过改善排便习惯等多可缓解；老年人直肠脱垂多为完全性脱垂，往往需要手术治疗。
三、其他系统疾病相关原因
（一）甲状腺功能减退症
甲状腺激素分泌不足，导致机体代谢减慢，胃肠道蠕动也会减慢。患者除了有大便便不净的感觉外，还可能出现怕冷、乏力、体重增加、记忆力减退等症状。儿童患甲状腺功能减退症会影响生长发育和智力发育，表现为身材矮小、智力低下等；成年人则主要是全身代谢功能降低的一系列表现。
（二）糖尿病
糖尿病患者若血糖控制不佳，可引起自主神经病变，影响胃肠道的神经支配，导致胃肠功能紊乱。患者可能出现大便次数增多或便不净感，还可伴有腹胀、恶心、呕吐等消化道症状。同时，糖尿病患者容易并发感染，若合并肠道感染也会出现大便便不净等肠道感染相关症状。儿童糖尿病患者若血糖控制不好，会影响生长发育，出现多饮、多食、多尿、体重减轻等典型症状，同时也可能伴有胃肠功能紊乱的表现。
