生化妊娠流产由多种因素造成，胚胎因素有染色体异常及胚胎自身质量问题；母体因素包括子宫解剖结构异常、子宫内膜异常、激素水平异常、自身免疫及同种免疫异常；生活方式因素有不良生活习惯、过度劳累；其他因素有环境因素、年龄因素，这些因素分别从不同方面影响胚胎着床与发育，导致生化妊娠流产。
染色体异常：这是导致生化妊娠流产最常见的原因之一。正常的胚胎发育需要染色体数目和结构都正常，若胚胎染色体出现数目异常（如多一条染色体、少一条染色体等）或结构异常（如染色体片段缺失、重复、易位等），就会影响胚胎的正常着床和发育，从而引发生化妊娠流产。例如，在自然受孕的胚胎中，约50%-60%存在染色体异常情况，这种异常在早期胚胎中较为常见，往往会导致胚胎不能正常发育而发生流产。
胚胎质量问题：除了染色体异常外，胚胎自身的其他质量问题也可能导致生化妊娠流产。比如胚胎的基因表达异常、细胞分裂过程出现障碍等，这些都可能使胚胎无法在子宫内正常着床生长，进而引发流产。
母体因素
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（如纵隔子宫、双角子宫等），会影响子宫腔的正常形态和内环境，使得胚胎着床困难。研究表明，患有子宫畸形的女性发生生化妊娠流产的风险比正常女性明显增高。例如纵隔子宫，由于纵隔将子宫腔分成两部分，胚胎着床的合适位置受到影响，容易导致着床失败或早期流产。
子宫内膜异常：子宫内膜是胚胎着床的重要场所，其厚度、容受性等都会影响胚胎着床。子宫内膜过薄（一般认为厚度小于7mm可能影响着床）或过厚、子宫内膜炎、子宫内膜息肉等情况都可能干扰胚胎着床。例如子宫内膜炎会影响子宫内膜的正常分泌功能和容受性，使胚胎难以着床；子宫内膜息肉会占据子宫内的空间，影响胚胎着床环境。
内分泌因素
激素水平异常：如黄体功能不全，黄体分泌的孕酮不足，会影响子宫内膜的转化，使子宫内膜不利于胚胎着床。正常情况下，黄体期孕酮水平应达到一定标准（如血清孕酮水平在黄体中期应大于15ng/ml），若低于此标准则黄体功能不全。研究发现，黄体功能不全的女性生化妊娠流产的发生率较高。另外，甲状腺功能异常也会对生化妊娠产生影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰体内的内分泌平衡，影响胚胎的发育环境，增加生化妊娠流产的风险。例如甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响机体的代谢和内分泌调节，进而影响胚胎的生长发育。
免疫因素
自身免疫异常：母体自身存在一些自身抗体，如抗心磷脂抗体、抗核抗体等，这些抗体可能会攻击胚胎，影响胚胎的着床和发育。例如抗心磷脂抗体阳性的女性，抗体可与血小板及内皮细胞结合，影响胎盘的血液循环，导致胚胎供血不足，从而引发生化妊娠流产。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致生化妊娠流产。正常情况下，母体应对胚胎这种半同种异体抗原时应保持免疫耐受，若这种耐受机制出现问题，母体的免疫系统就会攻击胚胎，导致流产。
生活方式因素
不良生活习惯：长期吸烟、酗酒的女性发生生化妊娠流产的风险较高。吸烟会影响血管的收缩功能，减少子宫胎盘的血流量，影响胚胎的营养供应；酗酒会干扰体内的激素平衡和代谢功能，对胚胎发育产生不利影响。例如，有研究显示，每天吸烟超过10支的女性，生化妊娠流产的发生率比不吸烟的女性高出一定比例；长期大量饮酒的女性，胚胎发育异常的概率增加，进而导致生化妊娠流产。
过度劳累：长期处于过度劳累的状态会使母体的身体处于应激状态，影响内分泌和免疫系统的平衡，从而增加生化妊娠流产的风险。比如一些工作压力大、经常加班熬夜的女性，身体疲劳，机体的内环境不稳定，不利于胚胎着床和发育。
其他因素
环境因素：长期接触一些有毒有害物质，如苯、甲醛、放射性物质等，会对胚胎的发育产生不良影响，增加生化妊娠流产的可能性。例如在一些化工厂工作长期接触化学毒物的女性，其发生生化妊娠流产的风险较一般人群高。
年龄因素：女性的年龄也是一个重要因素，随着年龄的增长，尤其是35岁以上的女性，卵子质量下降，染色体异常的发生率增加，同时身体的各项机能也有所下降，这些都导致生化妊娠流产的风险升高。例如35岁女性的胚胎染色体异常率明显高于25-30岁的女性，从而使生化妊娠流产的概率增加。
