慢性肠炎的引发因素包括感染因素（细菌、病毒、寄生虫感染）、肠道菌群失调、免疫因素（自身免疫性疾病、过敏因素）、其他因素（饮食、精神心理、遗传因素），这些因素通过不同方式影响肠道正常功能导致慢性肠炎，不同年龄人群受影响情况有所不同且多种因素综合起作用。
病毒感染：轮状病毒、诺如病毒等病毒感染也可能导致慢性肠炎。病毒侵入肠道后，会在肠道细胞内复制，破坏肠道细胞的正常功能，引起肠道炎症。婴幼儿感染轮状病毒的几率相对较高，因为其肠道免疫系统更脆弱，而成人如果接触到携带病毒的人群，在机体免疫力下降时也可能感染病毒引发慢性肠炎。
寄生虫感染：如溶组织阿米巴、血吸虫等寄生虫感染肠道后，会在肠道内寄生并引发炎症反应。例如血吸虫感染人体后，虫卵会沉积在肠道组织中，引起肉芽肿性炎症，长期可导致慢性肠炎。不同年龄人群都可能感染寄生虫，但卫生状况较差的地区人群感染风险更高，儿童如果接触了被寄生虫污染的土壤等，也容易感染寄生虫引发慢性肠炎。
肠道菌群失调
正常情况下，肠道内有众多有益菌群，它们对维持肠道的正常功能起着重要作用，如帮助消化、抵御病原菌入侵等。当肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌大量繁殖，就可能引发慢性肠炎。长期使用广谱抗生素是导致肠道菌群失调的常见原因之一，无论是儿童还是成人，长期使用广谱抗生素会破坏肠道正常菌群平衡。例如儿童因某些细菌感染长期使用广谱抗生素后，肠道菌群失调，容易出现慢性腹泻等肠炎相关症状；成人长期不合理使用广谱抗生素治疗其他疾病，也可能引发肠道菌群失调进而导致慢性肠炎。此外，年龄增长也可能导致肠道菌群发生变化，老年人肠道菌群相对不稳定，更容易出现菌群失调引发慢性肠炎；不良的生活方式，如饮食不规律、过度饮酒等，也会影响肠道菌群平衡，增加慢性肠炎的发生风险。
免疫因素
自身免疫性疾病可累及肠道，引发慢性肠炎。例如炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，其发病与自身免疫功能异常密切相关。人体免疫系统错误地攻击肠道自身组织，导致肠道持续炎症。这类疾病的发生没有明显的年龄和性别绝对差异，但不同个体的遗传易感性不同，有家族遗传倾向的人群患病风险相对较高。儿童时期如果存在自身免疫相关的遗传因素，也可能在后天环境因素作用下引发自身免疫性肠炎；成人中也有因遗传等因素导致免疫异常进而患上炎症性肠病等自身免疫性慢性肠炎的情况。
过敏因素也可能参与慢性肠炎的发生。某些人对食物中的特定成分过敏，如对牛奶中的蛋白质过敏，当摄入相关过敏食物后，肠道会发生过敏反应，出现炎症表现。儿童对食物过敏的情况相对常见，比如婴儿可能对牛奶蛋白过敏，食用配方奶后出现慢性腹泻、腹痛等肠炎症状；成人也可能对海鲜、坚果等食物过敏，进食后引发肠道过敏反应导致慢性肠炎。
其他因素
饮食因素：长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，或过度饮酒、吸烟等，会刺激肠道黏膜，损伤肠道屏障功能，从而引发慢性肠炎。例如长期大量饮酒的人群，酒精会反复刺激肠道，导致肠道黏膜炎症、充血等，容易出现慢性肠炎症状。不同年龄人群都可能因不良饮食方式患病，儿童如果家长过度喂养高油高糖等不恰当食物，也可能影响肠道健康引发慢性肠炎；成人长期保持不健康的饮食习惯则更易患上慢性肠炎。
精神心理因素：长期精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪可通过神经-内分泌-免疫调节网络影响肠道功能，导致肠道蠕动紊乱、肠道黏膜屏障功能下降，进而引发慢性肠炎。例如一些长期处于高压工作状态的成人，精神压力大，容易出现慢性肠炎症状；儿童如果学习压力过大等精神因素影响，也可能间接影响肠道功能，增加慢性肠炎的发生几率。
遗传因素：某些慢性肠炎具有遗传易感性，如炎症性肠病等，遗传因素在其发病中起到一定作用。如果家族中有相关疾病患者，那么个体患病的风险可能会增加。无论是儿童还是成人，若家族中有炎症性肠病等慢性肠炎的遗传病史，相对其他人更易患上此类慢性肠炎，但并非一定会发病，还受到后天环境等多种因素的综合影响。
