附件囊肿形成原因多样，包括生理性的卵泡囊肿、黄体囊肿，病理性的子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）、浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、畸胎瘤等，还与遗传、内分泌、生活方式等因素相关，遗传因素可增加患相关囊肿风险，内分泌失调会影响卵巢功能促囊肿形成，不良生活方式如长期熬夜、精神压力大、高脂饮食等也会增加附件囊肿发生风险。
一、生理性附件囊肿的形成
（一）卵泡囊肿
女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般优势卵泡会破裂排卵。但如果卵泡没有破裂，持续生长，就会形成卵泡囊肿。正常情况下，卵泡发育到一定大小后会自然破裂排卵，若这个过程出现异常，卵泡持续存在并不断分泌液体，就会逐渐形成卵泡囊肿。青春期女性由于生殖内分泌轴尚不稳定，卵泡发育及排卵可能出现不规律情况，更容易发生卵泡囊肿；育龄期女性在一些特殊情况下，如受到情绪波动、环境改变等因素影响时，也可能出现卵泡囊肿。
（二）黄体囊肿
排卵后卵泡壁会塌陷形成黄体，黄体在正常情况下会逐渐退化。但如果黄体形成后，腔内液体增多，黄体直径超过3cm时就形成黄体囊肿。怀孕早期的女性，体内激素水平变化较大，黄体也会相应增大，部分人可能形成黄体囊肿；月经周期中，黄体期激素波动也可能导致黄体囊肿的形成。
二、病理性附件囊肿的形成
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
子宫内膜组织本该在子宫腔内生长，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢等盆腔其他部位时，就会在局部生长、周期性出血，形成囊肿。这种异位的子宫内膜会随着月经周期反复出血，使得卵巢增大，形成单个或多个囊肿，囊肿内含有类似巧克力样的粘稠液体。有家族遗传倾向的女性，发生子宫内膜异位囊肿的风险可能更高；既往有宫腔操作史，如人工流产等，可能增加子宫内膜异位细胞异位种植的机会，从而促进巧克力囊肿的形成。
（二）浆液性囊腺瘤
这是一种常见的卵巢上皮性肿瘤。可能是由于卵巢表面的生发上皮向输卵管上皮分化，形成浆液性肿瘤。其具体发生机制可能与卵巢上皮细胞的异常增殖有关。长期处于污染环境、有不良生活习惯（如长期吸烟、酗酒）的女性，可能增加浆液性囊腺瘤的发生风险；有家族肿瘤遗传史的女性，患浆液性囊腺瘤的可能性也会相对升高。
（三）粘液性囊腺瘤
通常认为是由卵巢表面上皮向宫颈粘膜分化而来。粘液性囊腺瘤的形成与卵巢上皮细胞的分泌功能异常有关，上皮细胞不断分泌粘液，积聚在囊腔内形成囊肿。有卵巢手术史等情况的女性，可能因局部组织的改变增加粘液性囊腺瘤的发生几率；一些慢性炎症刺激也可能参与粘液性囊腺瘤的形成过程，比如盆腔慢性炎症长期刺激卵巢上皮细胞，导致其分泌功能紊乱。
（四）畸胎瘤
畸胎瘤来源于生殖细胞，分为成熟畸胎瘤（良性）和未成熟畸胎瘤（恶性）。其形成是由于生殖细胞在发育过程中出现异常分化，部分生殖细胞异位到卵巢等部位，这些异常分化的生殖细胞逐渐增殖形成肿瘤。在胚胎发育早期，生殖细胞的迁移出现异常，就可能导致畸胎瘤的发生；女性在整个生命周期中，生殖细胞相关的发育异常都可能引发畸胎瘤，尤其在青春期到育龄期女性中较为常见。
三、其他相关因素
（一）遗传因素
某些附件囊肿具有一定的遗传倾向。例如，部分卵巢癌相关的基因变异可能增加女性患附件囊肿尤其是恶性附件囊肿的风险。如果家族中有亲属患有与附件囊肿相关的遗传性肿瘤疾病，那么其他女性成员患附件囊肿的概率会高于正常人群。
（二）内分泌因素
长期内分泌失调会影响卵巢的正常功能，从而促进附件囊肿的形成。例如，多囊卵巢综合征患者，体内雄激素水平升高，常伴有卵巢多囊样改变，容易出现多种附件囊肿相关问题；甲状腺功能异常也可能通过影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致附件囊肿的发生。
（三）生活方式因素
长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式会干扰女性的内分泌系统。长期熬夜会影响激素的正常分泌节律，精神压力过大可通过神经内分泌调节影响卵巢功能，这些都可能增加附件囊肿的发生风险。此外，高脂饮食也可能与附件囊肿的形成存在一定关联，高脂饮食可能导致体内激素代谢紊乱，进而影响卵巢的正常生理功能。
