自然流产受多种因素影响，包括染色体异常（夫妻一方染色体数目或结构异常，女性年龄增长致卵子质量下降、男性年龄增长致精子染色体异常影响胚胎发育）、母体因素（内分泌如黄体功能不全、甲状腺功能异常、糖尿病；生殖系统解剖如子宫畸形、宫腔粘连；免疫如自身免疫性疾病、同种免疫异常；感染如TORCH及其他病原体感染）、父亲因素（精子染色体异常）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度接触有害物质）、其他因素（心理因素、多次流产史）。
年龄因素影响：女性年龄对染色体异常有重要影响，随着女性年龄的增长，卵子质量下降，染色体发生异常的概率增加，35岁以上的孕妇发生染色体异常导致自然流产的风险明显高于年轻孕妇；男性年龄增长也会使精子染色体异常的概率上升，进而增加自然流产的可能性。
母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能满足胚胎着床和发育的需求，从而导致自然流产。有研究表明，约30%-40%的自然流产与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加自然流产的风险。例如，临床研究发现甲状腺功能减退的孕妇自然流产发生率明显高于甲状腺功能正常的孕妇。
糖尿病：未控制好血糖的糖尿病孕妇，高血糖环境会影响胚胎的发育，增加自然流产的概率。长期高血糖可导致胚胎发育异常，流产风险显著升高。
生殖系统解剖异常
子宫畸形：如子宫纵隔、单角子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫腔的形态和内膜环境，使胚胎着床和发育的空间受限，从而增加自然流产的发生风险。例如，有子宫纵隔的女性自然流产发生率较正常女性明显升高。
宫腔粘连：宫腔粘连会导致宫腔容积减小，内膜损伤，影响胚胎的着床和种植，进而引发自然流产。宫腔粘连多由宫腔操作（如人工流产、刮宫等）损伤子宫内膜后引起。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，机体的免疫系统会错误地攻击胚胎，导致免疫排斥反应，引发自然流产。自身免疫性疾病患者体内存在多种自身抗体，这些抗体可通过不同机制影响妊娠过程。
同种免疫异常：孕妇对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，从而导致自然流产。例如，母胎界面免疫调节失衡时，就可能出现这种同种免疫异常情况。
感染因素
TORCH感染：包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等感染。孕妇在孕期感染这些病原体后，可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的正常发育，导致自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生流产、畸形的风险明显增加。
其他病原体感染：如细菌感染（如沙眼衣原体、支原体等）也可能引起生殖道感染，进而影响妊娠，导致自然流产。
父亲因素
精子染色体异常：男性精子染色体异常同样可导致胚胎染色体异常，从而引发自然流产。随着男性年龄的增加，精子质量下降，染色体异常的概率也会升高。研究发现，精子染色体异常的男性所孕育的胚胎发生自然流产的风险高于精子染色体正常的男性。
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟或过量饮酒会增加自然流产的风险。香烟中的尼古丁等有害物质以及酒精都会通过胎盘影响胚胎发育，干扰正常的妊娠过程。例如，有研究表明，孕妇每天吸烟10支以上，自然流产的发生率比不吸烟的孕妇明显升高；长期大量饮酒的孕妇，自然流产的概率也显著增加。
过度接触有害物质：长期接触放射性物质、化学毒物（如苯、甲醛等）等有害物质，会影响生殖细胞的质量，进而影响胚胎发育，导致自然流产。例如，在化工行业工作且未做好防护措施的孕妇，接触有害物质后自然流产的风险会增加。
其他因素
心理因素：孕妇长期处于紧张、焦虑、抑郁等不良心理状态下，可能会通过神经内分泌系统影响机体的免疫功能和生殖内分泌功能，从而增加自然流产的发生风险。有研究发现，心理压力较大的孕妇自然流产发生率高于心理状态良好的孕妇。
多次流产史：既往有多次流产史的孕妇，再次发生自然流产的概率会增加。多次流产可能会对子宫造成损伤，影响子宫内膜的容受性，同时也可能导致免疫等方面的异常改变，从而增加再次自然流产的风险。
