胃食管反流病的发生与食管下括约肌结构与功能异常、食管清除作用降低、胃排空延迟、食管黏膜屏障功能降低及其他因素有关，食管下括约肌压力降低、结构异常等致反流，食管蠕动减慢等致清除降低，胃排空减慢致反流物增多，黏膜屏障功能降低致易受损，年龄、性别、生活方式、病史等也有影响。
一、食管下括约肌结构与功能异常
食管下括约肌是食管末端环行肌束，正常情况下它可防止胃内容物反流至食管。若该括约肌压力降低，如某些激素影响（如妊娠时孕激素水平升高可能导致括约肌松弛）、某些食物因素（如高脂肪饮食可使括约肌压力降低），就会使食管下括约肌不能有效关闭，导致胃内容物容易反流至食管引发胃食管反流病。另外，食管下括约肌结构异常，比如先天性食管下括约肌发育不良等情况，也会影响其正常功能，增加胃食管反流病的发生风险。
二、食管清除作用降低
正常情况下，食管通过蠕动等方式将反流至食管的胃内容物清除。当食管蠕动减慢时，如老年人食管蠕动功能本身可能随年龄增长而减退，或者某些疾病导致食管蠕动功能受损（如硬皮病累及食管，使食管蠕动减弱），食管清除胃内容物的能力下降，就会使反流物在食管内停留时间延长，刺激食管黏膜，引发胃食管反流病。
三、胃排空延迟
胃排空速度减慢时，胃内食物潴留，胃内压力升高，当压力超过食管下括约肌压力时，就容易导致胃内容物反流至食管。常见于一些胃肠动力障碍性疾病，如糖尿病患者可能因自主神经病变影响胃肠动力，导致胃排空延迟；另外，服用某些药物也可能影响胃排空，如钙通道阻滞剂等，都可能引发胃食管反流病。
四、食管黏膜屏障功能降低
食管黏膜的屏障功能包括上皮前、上皮和上皮后屏障。当食管黏膜屏障功能降低时，如长期吸烟、饮酒，烟草中的尼古丁、酒精等会损伤食管黏膜上皮，使上皮屏障功能受损；某些刺激性食物（如过酸、过辣食物）也会破坏食管黏膜屏障，使得食管黏膜更容易受到反流物的损伤，从而引发胃食管反流病。
五、其他因素
（一）年龄因素
老年人发生胃食管反流病的概率相对较高，除了前面提到的食管蠕动功能减退等因素外，老年人的食管下括约肌功能也可能随年龄增长而下降，同时老年人常合并多种基础疾病，这些都增加了胃食管反流病的发生风险。而儿童胃食管反流多与食管下括约肌发育尚未成熟有关，随着年龄增长，食管下括约肌功能逐渐完善，多数儿童胃食管反流情况会有所改善，但如果存在早产等情况，可能会加重食管下括约肌发育不成熟的程度，增加胃食管反流病发生风险。
（二）性别因素
一般来说，在无其他特殊疾病情况下，性别对胃食管反流病发生的直接影响不显著，但在妊娠女性中，由于孕激素水平升高导致食管下括约肌松弛，妊娠成为胃食管反流病的一个重要诱发因素，这与女性的生理状态相关。
（三）生活方式因素
1.饮食方面：高盐、高脂饮食会降低食管下括约肌压力，增加反流风险；过多摄入巧克力、咖啡等食物，其中的成分可能影响食管下括约肌功能；暴饮暴食使胃内压力明显升高，易导致反流。
2.体重因素：肥胖人群腹部压力增高，容易压迫胃部，使胃内容物更容易反流至食管，肥胖是胃食管反流病的一个重要危险因素。
3.吸烟饮酒：前面提到吸烟饮酒会损伤食管黏膜屏障等，长期吸烟饮酒的人胃食管反流病发生率明显高于不吸烟不饮酒者。
（四）病史因素
患有某些疾病的人群发生胃食管反流病的风险增加，如贲门失弛缓症患者，其食管下括约肌松弛障碍，容易导致胃内容物反流；食管裂孔疝患者，部分胃组织通过食管裂孔进入胸腔，改变了食管下括约肌的正常解剖结构，使食管下括约肌抗反流功能减弱，从而引发胃食管反流病。
