可从临床表现、病原学检查、病程特点三方面区分细菌性结膜炎和病毒性结膜炎，细菌性结膜炎多有脓性或黏液脓性分泌物、明显结膜充血等，涂片及培养可助诊，起病急、治疗及时1-2周可愈；病毒性结膜炎分泌物多为水样或浆液性，有全身症状，病毒分离等可助诊，病程长约2-3周有自限性。
一、临床表现方面
（一）细菌性结膜炎
1.分泌物特点：多为脓性或黏液脓性分泌物，量较多，早晨起床时可因分泌物粘结眼睑而难以睁眼，这是因为细菌感染后刺激眼部分泌腺大量分泌，如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等感染引起的细菌性结膜炎常出现此类表现，相关研究表明约70%-80%的细菌性结膜炎患者有明显脓性分泌物。
2.眼部充血情况：结膜充血较为明显，以睑结膜和穹窿结膜充血显著，可伴有结膜下出血点，炎症反应主要由细菌感染引发局部炎症细胞浸润等导致血管扩张充血。
3.可能伴随症状：部分患者可能伴有眼部疼痛、异物感等症状，儿童患者可能因眼部不适出现揉眼等表现，且病情发展相对较快，如果不及时治疗可能会有进一步加重趋势。
（二）病毒性结膜炎
1.分泌物特点：分泌物多为水样或浆液性，量相对较少，一般不会出现明显的脓性分泌物，这是因为病毒感染主要引起眼表的免疫反应，分泌物性质与细菌感染不同，如腺病毒引起的病毒性结膜炎常表现为水样分泌物。
2.眼部充血情况：结膜充血也存在，但相对细菌性结膜炎可能没有那么剧烈的脓性分泌物伴随下的明显充血表现，主要是病毒性炎症导致的血管反应。
3.可能伴随症状：常伴有全身症状，如发热、咽痛、耳前淋巴结肿大等，儿童患者由于免疫系统发育尚未完善，感染病毒性结膜炎时全身症状可能相对更为明显，且病程一般比细菌性结膜炎稍长，通常在1-2周左右，而细菌性结膜炎经过有效抗菌治疗后病情缓解相对较快。
二、病原学检查方面
（一）细菌性结膜炎
1.涂片检查：取结膜刮片进行革兰染色或吉姆萨染色等，可在显微镜下观察到大量的中性粒细胞以及细菌形态，能够初步判断细菌的种类，例如革兰阳性球菌、革兰阴性杆菌等不同形态的细菌，有助于针对性地选择抗菌药物进行治疗。
2.细菌培养：将结膜分泌物进行细菌培养，可明确具体的致病菌，如培养出金黄色葡萄球菌、链球菌等常见致病菌，通过药敏试验还能进一步了解细菌对何种抗菌药物敏感，为合理使用抗生素提供依据，研究显示细菌培养阳性率在大部分细菌性结膜炎患者中可达50%以上。
（二）病毒性结膜炎
1.病毒分离：从结膜囊内采集标本进行病毒分离，是诊断病毒性结膜炎的金标准，但操作相对复杂，需要特定的实验室条件，一般在科研等特殊情况下应用较多，例如从腺病毒感染患者标本中分离出腺病毒。
2.免疫荧光或PCR检测：采用免疫荧光技术检测结膜刮片或分泌物中的病毒抗原，或者通过聚合酶链反应（PCR）检测病毒核酸，能够快速、准确地诊断病毒性结膜炎，例如检测出腺病毒、肠道病毒等相关病毒核酸，这种方法特异性和敏感性较高，在临床诊断中应用越来越广泛，能在数小时内得出结果，为临床治疗提供及时依据。
三、病程特点方面
（一）细菌性结膜炎
通常起病较急，如果及时使用有效的抗菌药物治疗，一般在1-2周内可逐渐治愈，儿童患者由于新陈代谢相对较快，在规范治疗下恢复可能相对成人稍快，但也需要密切观察病情变化，避免病情迁延不愈发展为慢性结膜炎等。
（二）病毒性结膜炎
病程相对较长，一般为2-3周左右，即使不进行特殊治疗，也有一定的自限性，但在病程中需要注意休息、隔离等，防止交叉感染，儿童患者因为自身免疫力的特点，可能在病程中更容易出现病情波动，需要家长加强护理，例如保证患儿充足睡眠、清淡饮食等，以促进机体恢复。
总之，通过临床表现、病原学检查以及病程特点等多方面综合判断是细菌性结膜炎还是病毒性结膜炎，在临床实践中需要医生详细询问病史、全面进行眼部检查以及合理选择实验室检查方法来准确区分两者，从而采取针对性的治疗和护理措施。
