胎停孕由多种因素导致，包括染色体异常（夫妻双方染色体数目或结构异常，女性年龄增大卵子质量下降、男性年龄增长精子染色体易异常）、内分泌失调（黄体功能不全致孕激素不足、甲状腺功能异常干扰胚胎发育）、子宫异常（解剖结构异常如子宫畸形、子宫肌瘤，子宫内膜病变如子宫内膜炎、息肉、薄）、免疫因素（自身免疫异常如自身免疫性疾病产生抗体攻击胚胎、同种免疫异常致母体免疫耐受失衡）、感染因素（TORCH感染及其他病原体感染通过胎盘等影响胚胎发育）、生活方式因素（吸烟饮酒影响卵子精子质量、过度劳累与不良情绪影响内分泌和免疫功能致胎停孕）。
年龄因素影响：随着女性年龄的增加，卵子质量下降，染色体发生异常的概率会升高。例如，35岁以上的女性染色体异常的发生率明显高于年轻女性，这也是高龄产妇胎停孕风险相对较高的重要原因之一；男性随着年龄增长，精子的染色体也可能出现异常情况，同样会增加胎停孕的可能性。
内分泌失调
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对于维持子宫内膜的容受性和妊娠的正常进行至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，子宫内膜就不能很好地转化，无法为胚胎着床和发育提供良好的环境，进而导致胎停孕。研究表明，约有30%-40%的胎停孕与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着不可或缺的作用。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响胚胎的神经发育等过程；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的正常发育，增加胎停孕的风险。例如，临床研究发现，甲状腺功能减退的孕妇发生胎停孕的概率明显高于甲状腺功能正常的孕妇。
子宫异常
解剖结构异常：子宫畸形如单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔的形态发生改变，影响胚胎的着床和生长空间。子宫肌瘤如果生长在宫腔内或者压迫宫腔，也会对胚胎的发育产生不利影响。有相关统计显示，子宫解剖结构异常的女性胎停孕的发生率比子宫正常的女性高出数倍。
子宫内膜病变：子宫内膜炎会导致子宫内膜充血、水肿，炎性细胞浸润等，影响胚胎的着床和种植；子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，干扰胚胎的正常发育；子宫内膜薄则营养供应不足，不利于胚胎的着床和发育。例如，子宫内膜厚度小于7mm时，胎停孕的风险会显著增加。
免疫因素
自身免疫异常：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，患者体内会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎着床失败或胎停孕。研究发现，患有自身免疫性疾病的孕妇胎停孕的发生率明显高于健康孕妇。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡也会引发胎停孕。正常妊娠时，母体的免疫系统会对胚胎产生一定的耐受，以保证胚胎的正常发育。但如果这种免疫耐受出现异常，母体的免疫系统就会将胚胎视为外来异物进行攻击，从而导致胎停孕。
感染因素
TORCH感染：TORCH包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇在孕期感染这些病原体后，病原体可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的发育，导致胎停孕。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生胎停孕、流产、畸形的风险会大大增加。
其他病原体感染：如细菌、支原体、衣原体等感染也可能引起胎停孕。例如，孕妇生殖道感染支原体后，可能会引起绒毛膜羊膜炎，影响胚胎的正常发育，导致胎停孕的发生。
生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会使烟草中的尼古丁等有害物质进入体内，影响卵子的质量和输卵管的蠕动功能，增加胎停孕的风险；男性吸烟饮酒会影响精子的质量，导致精子染色体异常等情况，从而增加胎停孕的可能性。有研究表明，长期吸烟饮酒的夫妻，胎停孕的发生率比不吸烟饮酒的夫妻高出很多。
过度劳累与不良情绪：孕妇长期处于过度劳累的状态下，身体处于应激状态，会影响内分泌系统和免疫系统的功能，不利于胚胎的发育；长期的不良情绪如焦虑、抑郁等，会通过神经内分泌系统影响胚胎的发育，增加胎停孕的风险。例如，长期处于高度焦虑状态的孕妇，胎停孕的发生率明显高于情绪稳定的孕妇。
