空孕囊的发生与多种因素相关，包括染色体异常（夫妻双方染色体数目或结构异常、女性年龄大卵子易染色体不分离、男性年龄大精子易染色体异常）、内分泌因素（黄体功能不全及甲状腺功能异常影响胚胎发育）、子宫因素（子宫解剖结构异常如畸形、粘连及子宫内膜病变影响着床发育）、免疫因素（自身免疫异常及同种免疫异常致胚胎发育受影响）、感染因素（孕期感染某些病原体通过胎盘影响胚胎发育）。
一、染色体异常
染色体是遗传物质的载体，正常的胚胎发育依赖于染色体数量和结构的正常。如果夫妻双方任何一方存在染色体数目或结构的异常，都可能导致胚胎染色体异常，进而出现空孕囊。例如，常见的染色体数目异常包括三体、单体等情况，这些异常会使胚胎无法正常发育，最终形成空孕囊。从年龄因素来看，女性年龄越大，卵子发生染色体不分离的概率越高，35岁以上的女性发生染色体异常导致空孕囊的风险明显增加；男性年龄过大时，精子的染色体也可能出现异常，从而影响胚胎发育。
二、内分泌因素
1.黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境。研究表明，约30%-40%的复发性流产与黄体功能不全有关，而空孕囊的发生与黄体功能不全导致的子宫内膜容受性不佳密切相关。不同年龄的女性黄体功能可能存在差异，一般来说，随着年龄增长，黄体功能有下降趋势，这也会增加空孕囊发生的风险。
2.甲状腺功能异常：甲状腺激素对胚胎的生长发育起着重要的调节作用。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会影响胚胎的正常发育，增加空孕囊的发生几率；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的发育过程。无论是年轻还是年长的人群，甲状腺功能异常都可能导致空孕囊，而且有甲状腺疾病家族史的人群风险相对更高。
三、子宫因素
1.子宫解剖结构异常
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会使子宫腔的形态发生改变，影响胚胎的着床和发育空间。例如，纵隔子宫会分割宫腔，导致胚胎种植面积减少，增加空孕囊的发生风险。不同类型的子宫畸形对胚胎发育的影响程度有所不同，纵隔子宫相对来说对胚胎发育的影响可能更为明显。
宫腔粘连：多由于宫腔操作（如人工流产、刮宫等）、感染等原因引起。宫腔粘连会使宫腔容积减小，子宫内膜受损，不利于胚胎的着床和生长，从而容易出现空孕囊。有宫腔操作史的女性，尤其是多次宫腔操作的女性，发生宫腔粘连进而导致空孕囊的风险较高，不同年龄的女性都可能面临这一风险，但多次宫腔操作的年轻女性风险相对更大。
2.子宫内膜病变：子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变会影响子宫内膜的容受性。子宫内膜息肉可能会干扰胚胎的着床，子宫肌瘤如果生长在宫腔内，会占据宫腔空间，影响胚胎的正常发育，增加空孕囊的发生概率。患有子宫内膜病变的女性，无论年龄大小，都需要关注空孕囊的发生风险，并且有子宫内膜病变家族史或长期妇科炎症病史的人群风险更高。
四、免疫因素
1.自身免疫异常：如抗磷脂综合征等。体内存在的自身抗体可攻击胎盘绒毛血管，导致胎盘血液循环障碍，影响胚胎的营养供应，从而引起空孕囊。自身免疫异常的发生与年龄、遗传等多种因素有关，年轻女性如果存在自身免疫性疾病相关基因携带，也可能在一定条件下引发自身免疫异常导致空孕囊。
2.同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡，使得母体免疫系统攻击胚胎，导致胚胎无法正常发育形成空孕囊。这种免疫异常在不同年龄的人群中都可能存在，而且有反复流产史的人群同种免疫异常的发生率相对较高。
五、感染因素
孕期感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等，可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎的正常发育，导致空孕囊。不同生活方式的人群感染风险不同，例如经常接触宠物的人群感染弓形虫的风险较高；生活在卫生条件较差环境中的人群感染其他病原体的风险也相对较高。不同年龄的人群对感染的易感性有所不同，一般来说，儿童和老年人由于免疫力相对较弱，感染后发生空孕囊的风险可能相对较高，但育龄女性无论年龄大小都需要注意预防孕期感染。
