胚胎停止发育的原因包括染色体因素（胚胎自身染色体异常）、母体因素（内分泌如黄体功能不全、甲状腺功能异常，生殖系统解剖如子宫畸形、宫腔粘连，感染如TORCH及其他细菌病毒感染）、男方因素（精子质量问题）、免疫因素（自身免疫性疾病、同种免疫异常）、环境因素（化学物质接触、物理因素如辐射、高温）。
一、染色体因素
胚胎自身染色体异常：这是导致胚胎停止发育较为常见的原因之一。在自然妊娠中，约50%-60%的早期流产是由于胚胎染色体异常引起。胚胎染色体异常可能是父母生殖细胞在减数分裂过程中发生错误，导致染色体数目或结构异常，如三体、单体等情况，使得胚胎无法正常发育，进而停止发育。这种情况在年龄较大的孕妇中相对更易发生，因为随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体发生异常的概率增加。对于男性而言，年龄增长或不良生活方式等也可能影响精子染色体的完整性，增加胚胎染色体异常的风险。
二、母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的宫内环境，就可能导致胚胎停止发育。例如，血清孕酮水平低于正常妊娠相应孕周的水平时，胚胎停止发育的风险会增加。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与机体的代谢调节，与妊娠密切相关。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会影响胚胎的生长发育，增加胚胎停止发育的几率；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰妊娠过程，导致胚胎停止发育。研究表明，甲状腺功能异常的孕妇胚胎停止发育的发生率明显高于甲状腺功能正常的孕妇。
生殖系统解剖异常
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会影响子宫的宫腔形态和内膜容受性，使得胚胎着床和发育的空间受限，不利于胚胎的正常生长，从而增加胚胎停止发育的风险。例如，纵隔子宫可能会因为纵隔占据宫腔空间，影响胚胎的血供和营养供应，导致胚胎停止发育。
宫腔粘连：多由于宫腔操作史（如人工流产、刮宫等）引起宫腔内膜损伤，导致宫腔部分或全部粘连。宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，影响胚胎的着床和发育，增加胚胎停止发育的可能性。
感染因素
TORCH感染：包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇在妊娠期间感染这些病原体，可能通过胎盘传播给胚胎，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。例如，孕妇感染风疹病毒，在妊娠早期可能引起胚胎的严重畸形甚至停止发育；弓形虫感染可导致胚胎的神经系统等多系统损伤，引发胚胎停止发育。
其他细菌或病毒感染：如支原体、衣原体感染等，也可能引起生殖道的炎症反应，影响胚胎的生长环境，导致胚胎停止发育。
三、男方因素
精子质量问题：精子的染色体异常、精子畸形率过高或精子DNA完整性受损等，都可能影响胚胎的质量，增加胚胎停止发育的风险。例如，精子DNA碎片率高的男性，其配偶胚胎停止发育的发生率明显升高。此外，男性长期接触不良环境因素（如高温、辐射、化学毒物等），会影响精子的质量，进而影响胚胎的发育。
四、免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等。抗磷脂综合征患者体内存在抗磷脂抗体，这些抗体可与胎盘血管内皮细胞结合，影响胎盘的血管形成和血流灌注，导致胎盘功能不全，从而引起胚胎停止发育。系统性红斑狼疮患者体内的自身抗体也可能对胚胎产生免疫攻击，影响胚胎的正常发育。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，导致母体免疫系统攻击胚胎，引起胚胎停止发育。例如，母胎界面的免疫平衡失调，Th1/Th2细胞因子失衡等，可能使得母体对胚胎产生排斥反应，影响胚胎的存活和发育。
五、环境因素
化学物质接触：孕妇长期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过呼吸道、皮肤等途径进入体内，干扰胚胎的正常发育过程，增加胚胎停止发育的风险。例如，在职业环境中接触这些化学物质的孕妇，胚胎停止发育的发生率高于一般人群。
物理因素：过高的辐射暴露，如孕妇接受过量的X射线照射等，可能导致胚胎细胞的DNA损伤，影响胚胎的正常分裂和发育，进而引起胚胎停止发育。此外，长期处于高温环境，如泡热水澡时间过长、长时间处于高温工作环境等，也可能对胚胎发育产生不利影响。
