会厌囊肿手术存在一定风险，但多为可控的轻微风险，严重并发症发生率较低，术前规范评估可进一步降低风险。
会厌囊肿手术多在全麻下经喉镜进行，主要风险与麻醉和手术操作相关：麻醉层面可能出现药物过敏、呼吸抑制等，但全麻技术成熟，术前会严格评估心肺功能以规避；手术操作中，因会厌邻近喉腔、气道，可能出现术中出血、术后咽喉水肿，少数情况可能损伤声带或喉返神经，影响发声。
但是，此类手术属于常规内镜微创手术，医生操作经验丰富，术中会采取止血、保护周围结构等措施，术后通过抗炎、雾化等治疗可缓解不适。多数患者术后恢复顺利，严重风险较少发生，术前与医生充分沟通、完善检查，能更好保障手术安全。
