治疗慢性鼻窦炎的常用药物是抗生素、鼻用糖皮质激素、减充血剂、黏液促排剂、抗组胺药等。
1.抗生素
对于有脓鼻涕等细菌感染证据的慢性鼻窦炎患者可使用，如阿莫西林克拉维酸钾、头孢呋辛、阿奇霉素等。一般在足量足疗程使用后，多数患者症状可得到有效控制。
2.鼻用糖皮质激素
是治疗慢性鼻窦炎的一线药物，如布地奈德鼻喷雾剂、糠酸莫米松鼻喷雾剂、丙酸氟替卡松鼻喷雾剂等。能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，且全身不良反应较少。
3.减充血剂
如麻黄碱滴鼻液、赛洛唑啉鼻喷剂等，可减轻鼻黏膜充血，缓解鼻塞症状，以免引起药物性鼻炎。
4.黏液促排剂
如桉柠蒎肠溶软胶囊、标准桃金娘油肠溶胶囊等，能促进纤毛运动，稀释脓鼻涕，促进其排出。
5.抗组胺药
对于伴有变应性因素的慢性鼻窦炎患者，可口服氯雷他定、西替利嗪等，也可使用氮卓斯汀鼻喷雾剂，能减轻鼻痒、打喷嚏等症状。
如合并哮喘的患者，治疗慢性鼻窦炎有助于控制哮喘症状，两者治疗需同步进行。在使用药物时，要考虑药物之间的相互作用。合并糖尿病的患者，血糖控制不佳可能影响炎症的恢复，需积极控制血糖，以提高治疗效果。
