子宫内膜异位症发病机制未完全明确，主要与种植学说（经血逆流、淋巴及静脉播散）、体腔上皮化生学说、免疫调节异常、遗传因素、环境因素有关，经血逆流是重要发病因素，盆腔炎症等刺激可致体腔上皮化生，免疫异常、遗传易感性及环境中化学物质、不良生活方式等均与该病相关。
一、种植学说
经血逆流：经期时，子宫内膜碎屑可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位并生长，这是被广泛认可的重要发病因素。例如，正常女性在月经期间，部分子宫内膜组织会通过输卵管逆流至盆腔，若有相关因素影响其正常吸收或清除，就可能导致异位种植。这种情况在有月经血流出不畅情况的女性中更易发生，如先天性生殖道畸形（阴道横隔、处女膜闭锁等）导致经血排出受阻的女性，经血逆流的概率增加，进而使子宫内膜异位症的发病风险升高。
淋巴及静脉播散：子宫内膜组织还可通过淋巴系统或静脉系统转移到远处器官，如肺部、肠道等，从而在这些部位形成异位病灶。不过，这种途径相对经血逆流来说，发生概率较低，但也是子宫内膜异位症可能的发病方式之一。比如，盆腔静脉与肺部静脉有交通支，子宫内膜组织可能随静脉血流转移到肺部并种植生长。
二、体腔上皮化生学说
腹膜、卵巢表面等部位的体腔上皮在反复受到经血、慢性炎症等刺激后，可化生为子宫内膜样组织，从而形成子宫内膜异位症病灶。例如，盆腔长期存在慢性炎症刺激时，可能促使体腔上皮发生化生，进而发展为异位的子宫内膜组织。这种情况在有盆腔炎症病史的女性中更为常见，慢性盆腔炎会持续刺激盆腔组织，增加体腔上皮化生为子宫内膜样组织的可能性。
三、免疫调节异常
女性的免疫系统在正常情况下可清除异位的子宫内膜组织，但当免疫功能出现异常时，就无法有效清除这些异位的内膜细胞，导致其在盆腔内种植并生长。例如，先天性免疫缺陷或后天由于某些因素（如长期精神压力过大、患有自身免疫性疾病等）导致免疫功能低下的女性，更容易发生子宫内膜异位症。长期精神压力过大可能影响神经-内分泌-免疫调节网络，使免疫系统对异位内膜细胞的监视和清除功能减弱。
此外，子宫内膜异位症患者体内的细胞免疫、体液免疫等均可能存在异常。如自然杀伤细胞的活性降低，使其对异位内膜细胞的杀伤作用减弱；体内一些细胞因子（如白细胞介素、肿瘤坏死因子等）的水平也可能出现异常，影响子宫内膜细胞的种植、黏附及生长等过程。
四、遗传因素
子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，若家族中有直系亲属患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会相对增加。研究发现，某些基因的突变或多态性与子宫内膜异位症的发病相关。例如，一些与细胞黏附、免疫调节等相关的基因发生突变时，可能导致子宫内膜异位症的发病风险升高。这种遗传因素的影响在有家族病史的女性群体中体现较为明显，若家族中母亲或姐妹患有子宫内膜异位症，那么女性自身应更加关注自身盆腔情况，定期进行妇科检查，以便早期发现和干预。
五、环境因素
长期接触某些环境污染物可能与子宫内膜异位症的发病有关。例如，一些塑料制品中含有的邻苯二甲酸酯等化学物质，可能干扰内分泌系统，影响子宫内膜的正常代谢和生理功能，增加子宫内膜异位症的发病风险。此外，生活方式因素也可能有一定影响，如长期熬夜、过度吸烟饮酒等不良生活方式可能通过影响内分泌及免疫系统，间接增加子宫内膜异位症的发病几率。长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素的正常分泌节律；过度吸烟饮酒会损害身体的多个系统功能，包括内分泌和免疫系统，从而对子宫内膜异位症的发生起到一定的促进作用。
