特应性皮炎病因复杂，涉及遗传因素（基因易感性及多基因遗传模式）、免疫因素（Th1/Th2细胞失衡及其他免疫细胞异常）、皮肤屏障功能异常（结构和功能缺陷及修复机制障碍）、环境因素（变应原接触、物理和化学刺激、微生物因素）多方面。
基因易感性：特应性皮炎具有一定的遗传倾向，研究发现多个基因与特应性皮炎的发病相关。例如，丝聚蛋白基因（FLG）突变是重要的遗传风险因素。丝聚蛋白是皮肤角质层中起重要作用的结构蛋白，它有助于维持皮肤屏障的完整性。FLG基因突变会导致丝聚蛋白合成减少或功能异常，使皮肤屏障功能受损，从而增加特应性皮炎的发病风险。这种遗传易感性在家族中有聚集现象，如果家族中有特应性皮炎患者，亲属患病的概率相对较高。
遗传模式：其遗传模式多为多基因遗传，涉及多个基因位点的相互作用，同时还受到环境因素的调节。不同基因的变异可能通过不同的途径影响皮肤的屏障功能、免疫反应等，进而导致特应性皮炎的发生。
免疫因素
Th1/Th2细胞失衡：特应性皮炎患者体内存在Th1/Th2细胞失衡，通常表现为Th2细胞介导的免疫反应增强。Th2细胞会分泌白细胞介素-4（IL-4）、白细胞介素-5（IL-5）、白细胞介素-13（IL-13）等细胞因子。这些细胞因子会促进B细胞产生免疫球蛋白E（IgE），IgE水平升高是特应性皮炎的一个重要特征。同时，Th2细胞相关细胞因子还会引起皮肤炎症反应，导致皮肤出现瘙痒、红斑、丘疹等症状。
其他免疫细胞异常：肥大细胞、嗜酸性粒细胞等免疫细胞在特应性皮炎的发病中也发挥作用。肥大细胞可以释放组胺等炎症介质，引起皮肤的速发超敏反应，加重瘙痒和炎症。嗜酸性粒细胞浸润皮肤也与特应性皮炎的炎症过程密切相关，它可以释放多种炎症介质和细胞毒性物质，进一步损伤皮肤组织。
皮肤屏障功能异常
结构和功能缺陷：正常皮肤屏障能够防止水分丢失、阻挡外界过敏原和刺激物侵入。特应性皮炎患者的皮肤屏障存在结构和功能上的缺陷。角质层细胞间脂质组成异常，如神经酰胺、胆固醇和游离脂肪酸的比例失调，影响了角质层的屏障功能。同时，角质形成细胞的分化和更新异常，也导致皮肤屏障功能受损。这使得外界的各种刺激更容易进入皮肤内部，引起免疫反应的激活，从而引发特应性皮炎的一系列症状。
修复机制障碍：皮肤屏障受损后，其自身的修复机制也存在障碍。角质形成细胞的增殖、分化以及细胞间脂质的合成等修复过程不能正常高效进行，进一步加重了皮肤屏障的功能异常，形成恶性循环，使得特应性皮炎难以缓解，病情容易反复发作。
环境因素
变应原接触：环境中的变应原是诱发和加重特应性皮炎的重要因素。常见的变应原有屋尘螨、花粉、宠物皮屑、霉菌等。例如，屋尘螨的排泄物是常见的吸入性变应原，人体接触后可能引发免疫反应，导致特应性皮炎患者的病情加重。食物变应原也是常见的诱因，如牛奶、鸡蛋、鱼虾等，食物中的变应原成分可以通过消化道进入体内，引起全身或局部的免疫反应，导致皮肤症状出现。
物理和化学刺激：多种物理和化学刺激也会影响特应性皮炎的病情。例如，干燥的空气会使皮肤水分丢失增加，加重皮肤屏障的损伤；寒冷、炎热的气候可能刺激皮肤，诱发炎症反应。一些化学物质，如肥皂、洗涤剂、某些化妆品中的成分等，也可能对皮肤产生刺激，导致特应性皮炎发作或加重。
微生物因素：皮肤表面的微生物群落失衡与特应性皮炎相关。金黄色葡萄球菌等细菌在特应性皮炎患者皮肤表面的定植增加，这些细菌可以释放毒性物质，进一步刺激皮肤引起炎症。同时，皮肤表面的真菌群落也可能发生变化，影响皮肤的微生态环境，参与特应性皮炎的发病过程。
