低位肛瘘与高位肛瘘在解剖位置、症状表现、检查方法和治疗方式上存在差异。低位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以下，症状较局限，直肠指检易触及条索状瘘管，治疗多为瘘管切开术或挂线疗法；高位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以上，症状复杂严重，直肠指检可触及深部条索或硬结，肛门镜检查结合MRI助诊，治疗以挂线疗法为主且复杂，不同性别、年龄患者治疗有别，术后需关注肛门功能等。
高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。包括高位单纯性肛瘘（仅有一个瘘管，瘘管穿过外括约肌深部以上，内口位于肛窦）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘管和内口，瘘管跨越外括约肌深部以上，病变较为复杂）。其内口往往位于较高位置的肛窦，甚至可能接近直肠环，瘘管走行复杂，可能穿过多个解剖间隙。
症状表现差异
低位肛瘘：症状相对较局限，主要表现为肛周反复流脓、肿痛等。流脓量相对高位肛瘘可能较少，肿痛程度一般相对较轻。由于瘘管位置较低，外口周围炎症反应相对局限，患者可能能较清楚地指出外口位置，且肛周瘙痒等症状相对高位肛瘘可能出现得稍晚或程度较轻。例如，低位单纯性肛瘘患者，外口间断流出少量脓性分泌物，局部红肿疼痛症状较轻，通过局部清洁等处理后症状可能有一定缓解。
高位肛瘘：症状相对复杂且严重。流脓量可能较多，且脓液性状可能更浓稠，有时可伴有粪便等物质流出。肿痛症状往往较为明显，由于瘘管位置高，炎症可能累及更深部组织，患者可能出现发热等全身症状，肛周坠胀感较为突出。例如，高位复杂性肛瘘患者，外口频繁流出大量脓性、黏液性分泌物，肛周反复肿痛，常伴有发热，体温可升高至38℃-39℃甚至更高，全身不适症状明显，严重影响患者的生活质量。
检查方法差异
低位肛瘘：直肠指检时，可在肛周皮下触及条索状瘘管，按压时有轻度压痛，有时可直接摸到外口与内口之间的瘘管。肛门镜检查可发现内口多位于肛窦处，且内口周围黏膜可能有充血、水肿等炎症表现。
高位肛瘘：直肠指检时，在直肠内可触及较硬的条索状结构或硬结，位置较深，按压时患者疼痛较明显。肛门镜检查可能发现内口位置较高，有时需要借助探针等辅助检查来探查瘘管走行，但由于高位肛瘘瘘管走行复杂，探针探查可能存在一定困难，且容易造成假道。此外，磁共振成像（MRI）检查对高位肛瘘的诊断价值较大，可清晰显示瘘管的位置、走行以及与周围组织的关系，能更准确地判断高位肛瘘的复杂程度。
治疗方式差异
低位肛瘘：治疗相对简单，多采用瘘管切开术或挂线疗法。瘘管切开术是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合，由于低位肛瘘瘘管位置低，切开后愈合相对较快，术后创面恢复时间一般较短。挂线疗法对于低位单纯性肛瘘也可应用，通过橡皮筋的慢性切割作用，缓慢切开瘘管，同时不会造成肛门失禁，因为外括约肌深部以下的肌肉切断后可以通过周围组织的代偿来维持肛门功能。
高位肛瘘：治疗较为复杂，多采用挂线疗法为主的综合治疗。因为高位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以上，若采用单纯切开术容易导致肛门失禁，所以挂线疗法是常用方法，利用挂线的机械性压迫作用，使被结扎的组织发生缺血性坏死，缓慢切开瘘管，同时起到引流和标记瘘管位置的作用。对于高位复杂性肛瘘，可能需要多次挂线以及结合瘘管搔刮等操作，术后恢复时间较长，且需要密切观察肛门功能，防止出现肛门失禁等并发症。在治疗过程中，还需要注意患者的全身情况，对于伴有感染发热的高位肛瘘患者，需要先控制感染，再进行后续治疗。同时，不同年龄、性别患者在治疗时也有差异，例如儿童高位肛瘘患者，更需谨慎选择治疗方式，以避免对肛门功能造成不良影响；女性高位肛瘘患者在治疗后还需考虑对生殖系统等周围组织的影响，术后护理要更加注重会阴部的清洁等。
