巧克力囊肿的发病机制包括子宫内膜异位种植学说（经血逆流种植及淋巴、静脉播散）、体腔上皮化生学说（卵巢表面上皮化生）和免疫因素（免疫监视功能异常、细胞免疫和体液免疫异常），其中经血逆流种植较常见，盆腔炎症等可致体腔上皮化生，免疫异常会使异位内膜细胞易定植生长，有相关因素或遗传倾向者发病风险增加。
一、子宫内膜异位种植学说
1.经血逆流种植：正常情况下，月经血从输卵管流入盆腔，但当经血中的子宫内膜细胞逆流到盆腔，并种植在卵巢表面或盆腔其他部位时，就有可能逐渐生长形成巧克力囊肿。这种情况在有月经的女性中较为常见，尤其是那些存在经血逆流相关因素的人群，比如先天性生殖道畸形导致经血流出不畅等情况，会增加经血逆流的几率，进而使子宫内膜细胞更容易种植在卵巢等部位并生长。对于处于生育年龄、月经周期正常的女性来说，经血逆流是一个潜在的导致巧克力囊肿的重要因素，而且这种情况在青春期女性开始有月经后就可能存在相关风险，随着年龄增长，若存在经血逆流相关的解剖异常等情况，风险会进一步增加。
2.淋巴及静脉播散：子宫内膜细胞还可通过淋巴系统或静脉系统播散到远离盆腔的部位，如肺部、肠道等，但播散到卵巢处种植生长从而形成巧克力囊肿也是其发病机制之一。这种情况相对经血逆流种植来说发生几率较低，但也是巧克力囊肿可能的发病途径。例如，当身体的淋巴循环或血液循环出现异常时，可能会促进子宫内膜细胞向卵巢部位的转移种植。对于有盆腔手术史等可能影响淋巴及静脉回流情况的女性，这种发病机制的影响可能会相对更明显一些，因为手术可能会对淋巴和静脉系统造成一定的干扰，增加子宫内膜细胞播散到卵巢的风险。
二、体腔上皮化生学说
1.卵巢表面上皮化生：卵巢表面的体腔上皮在某些因素刺激下，可化生为子宫内膜样组织，进而发展为巧克力囊肿。例如长期的炎症刺激等因素可能会诱发这种化生过程。对于患有盆腔慢性炎症的女性来说，她们发生巧克力囊肿的风险可能会有所增加，因为慢性炎症的刺激可能会促使卵巢表面的体腔上皮发生化生，从而逐渐形成异位的子宫内膜组织并生长为囊肿。这种情况在有盆腔炎症病史的女性中需要特别关注，因为炎症的持续存在可能会不断刺激体腔上皮的化生过程，进而增加巧克力囊肿的发病风险。而且不同年龄的女性都可能受到盆腔炎症的影响，尤其是育龄期女性，更容易发生盆腔炎症，从而增加了巧克力囊肿的发病几率。
三、免疫因素
1.免疫监视功能异常：人体的免疫系统具有监视和清除异常细胞的功能，如果免疫系统出现异常，如免疫监视功能下降，就无法及时清除异位的子宫内膜细胞，这些异位的子宫内膜细胞就有可能在卵巢等部位定植并生长形成巧克力囊肿。例如一些患有自身免疫性疾病的女性，其免疫系统本身存在一定的紊乱，相对来说更易发生巧克力囊肿。对于患有自身免疫性疾病的女性，需要更加注意自身的健康状况，定期进行妇科检查等，以便早期发现可能出现的巧克力囊肿。而且不同年龄的自身免疫性疾病患者都可能面临巧克力囊肿发病风险增加的情况，尤其是育龄期的自身免疫性疾病女性，更要密切关注妇科方面的健康情况。
2.细胞免疫和体液免疫异常：细胞免疫和体液免疫的异常也与巧克力囊肿的发生有关。例如细胞免疫功能低下时，机体对异位子宫内膜细胞的杀伤作用减弱；体液免疫异常可能会导致体内一些抗体的产生异常，影响异位子宫内膜细胞的生长环境等。这些免疫方面的异常综合起来，可能会促进巧克力囊肿的形成。对于有家族免疫性疾病遗传倾向的女性来说，其发生巧克力囊肿的风险可能也会相对较高，因为遗传因素可能会影响自身的免疫功能，进而增加患病几率。不同年龄的女性如果存在家族免疫性疾病遗传倾向，都需要在日常生活中注意保持良好的生活方式等，以降低巧克力囊肿的发病风险，比如保持均衡饮食、适量运动等，从整体上维持身体的健康状态，有助于调节免疫系统功能。
