新生儿甲减的病因包括先天性因素和获得性因素。先天性因素有甲状腺发育异常（胎儿甲状腺原基迁移分化障碍及遗传因素可致）和甲状腺激素合成障碍（基因突变致相关酶缺陷，常染色体隐性遗传）；获得性因素包含母体因素（母亲自身免疫性甲状腺疾病及妊娠期不合理用药可通过胎盘影响胎儿）和其他因素（早产致甲状腺功能暂时不成熟、出生时缺氧或感染干扰甲状腺功能）。
一、先天性因素
（一）甲状腺发育异常
1.病因机制
胎儿在发育过程中，甲状腺原基的迁移、分化障碍是常见原因。正常情况下，甲状腺原基从舌根部逐渐迁移至颈部前方，如果迁移过程出现异常，可能导致甲状腺部分或完全未发育。例如，在胚胎发育的第4-6周，甲状腺始基的正常下降受阻，就会引发甲状腺发育不全。这种发育异常会使甲状腺无法正常合成和分泌甲状腺激素，从而导致新生儿甲减。
遗传因素也可能参与其中，某些基因突变可能影响甲状腺的正常发育，如配对盒基因8（PAX8）等相关基因的突变，可导致甲状腺发育缺陷。
2.人群特点
女婴相对男婴可能有一定的发病差异，但总体上所有新生儿都可能因该原因患病，与胎儿在母体内的发育过程相关，无特定性别绝对倾向，但遗传因素导致的发育异常可能在有家族遗传病史的新生儿中更易出现。
（二）甲状腺激素合成障碍
1.病因机制
甲状腺激素合成过程中涉及多种酶的参与，任何一种参与甲状腺激素合成的酶缺陷都可能导致甲减。例如，甲状腺过氧化物酶（TPO）缺陷，会影响碘的有机化过程，使甲状腺激素合成受阻；碘转运体缺陷会导致碘无法正常进入甲状腺细胞，进而影响甲状腺激素的合成。这些酶的缺陷往往是由于基因突变引起的，属于常染色体隐性遗传病。
2.人群特点
有家族遗传病史的新生儿患病风险较高，因为这种合成障碍多由遗传因素导致，若父母双方均为相关致病基因的携带者，其子女有25%的概率患病。男女患病概率无明显差异，主要与家族遗传基因携带情况有关。
二、获得性因素
（一）母体因素
1.病因机制
母亲在妊娠期患有自身免疫性甲状腺疾病，如桥本甲状腺炎等。母亲体内的自身抗体可通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿的甲状腺组织，影响甲状腺激素的合成和分泌。例如，母亲体内的促甲状腺激素受体抗体（TRAb）等自身抗体，会攻击胎儿的甲状腺细胞，导致甲状腺功能减退。
母亲在妊娠期服用了某些抗甲状腺药物，如丙硫氧嘧啶等，这些药物可通过胎盘影响胎儿甲状腺激素的合成，从而引发新生儿甲减。
2.人群特点
母亲有自身免疫性甲状腺疾病病史或在妊娠期有不合理用药史的新生儿，患病风险显著增加。女性母亲如果患有相关自身免疫性甲状腺疾病，其生育的新生儿更易因母体因素患病，因为自身抗体主要通过母体-胎儿途径影响胎儿甲状腺。
（二）其他因素
1.病因机制
新生儿出生后，可能因早产等原因导致甲状腺功能暂时不成熟。早产儿各器官系统发育尚未完善，包括甲状腺的功能发育，甲状腺激素的合成、分泌等功能相对不足，从而出现暂时性甲减。另外，新生儿出生时如果发生缺氧、感染等情况，也可能影响甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素分泌减少。
2.人群特点
早产儿、出生时发生缺氧或感染的新生儿患病风险较高。早产儿由于自身发育未成熟，甲状腺功能不完善；出生时缺氧或感染的新生儿，其身体的应激反应等可能干扰甲状腺的正常生理功能，进而引发甲减。
