小儿脑发育不良的影响因素包括遗传因素（单基因遗传病、染色体异常可致脑发育不良）、孕期因素（感染、药物、辐射、营养不良影响胎儿脑发育）、分娩因素（早产、难产致胎儿脑部缺氧缺血等影响脑发育）、出生后因素（新生儿期疾病、感染、脑部外伤、营养不良影响脑发育）。
染色体异常也会引发小儿脑发育不良，例如21-三体综合征（唐氏综合征），患儿体内21号染色体多了一条，除了有特殊面容外，还常伴有不同程度的智力低下、脑发育落后等脑发育不良状况。
孕期因素
感染：孕妇在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等病原体。以风疹病毒为例，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒，病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿神经系统发育，导致脑发育不良。研究表明，孕期风疹病毒感染的胎儿发生先天性风疹综合征，其中神经系统受累较为常见，出现脑发育迟缓、小头畸形等脑发育不良相关表现。
药物：孕妇在孕期不合理使用药物，如孕期滥用某些致畸药物，像沙利度胺，它可导致胎儿出现多种器官畸形，包括神经系统发育异常，引起脑发育不良。
辐射：孕妇在孕期接受过量的辐射，如职业性接触放射性物质或接受不必要的腹部X线检查等。辐射会损伤胎儿的脑细胞，影响脑的正常发育，增加小儿脑发育不良的发生风险。
营养不良：孕妇孕期营养不良，尤其是缺乏叶酸等重要营养素。叶酸缺乏会影响胎儿神经管的闭合，神经管闭合异常可导致脑发育相关结构异常，进而引发脑发育不良。例如，孕妇孕期叶酸摄入不足，胎儿神经管畸形发生率升高，同时也可能伴随脑发育不良情况。
分娩因素
早产：早产儿由于胎龄小，各器官系统尤其是神经系统发育不成熟。早产儿的脑重量轻、脑皮质薄，脑室周围容易发生出血、脑室旁白质软化等情况，这些都会影响脑的正常发育，导致脑发育不良。研究显示，胎龄小于32周的早产儿发生脑发育不良的概率明显高于足月儿。
难产：分娩过程中出现难产，如胎儿窘迫、产程过长等情况，会导致胎儿脑部缺氧缺血。长时间的缺氧缺血会损伤脑细胞，影响脑的发育，造成脑发育不良。例如，胎儿在分娩过程中因脐带绕颈等原因导致急性缺氧，可引起新生儿缺氧缺血性脑病，若病情严重会遗留脑发育不良的后遗症。
出生后因素
新生儿期疾病：新生儿期发生严重的新生儿窒息、新生儿颅内出血、新生儿黄疸（尤其是胆红素脑病）等疾病。新生儿窒息会导致脑部缺血缺氧，影响脑的能量代谢和细胞功能，进而影响脑发育；新生儿颅内出血若出血量较大或出血部位关键，会破坏脑的正常结构，影响脑发育；胆红素脑病是由于新生儿高胆红素血症时，未结合胆红素通过血-脑屏障沉积在基底神经节、丘脑、丘脑下核等部位，损伤神经细胞，导致脑发育不良，患儿可出现手足徐动、智力落后等脑发育不良表现。
感染：出生后小儿感染中枢神经系统的病原体，如细菌、病毒等引起脑炎、脑膜炎等疾病。例如，化脓性脑膜炎若治疗不及时或不彻底，炎症会破坏脑的组织结构，影响脑发育，导致患儿出现智力减退、癫痫、脑性瘫痪等脑发育不良相关后遗症。
脑部外伤：小儿在出生后如果头部受到外伤，如坠落伤、撞击伤等，导致脑部组织损伤，影响脑的正常发育。脑部外伤的严重程度不同，对脑发育的影响程度也不同，严重的脑部外伤可能会造成脑发育不良甚至更严重的后果。
营养不良：出生后小儿营养不良，尤其是蛋白质-能量营养不良，会影响脑的生长发育。因为脑的发育需要充足的营养物质供应，长期营养不良会导致脑细胞数量减少、脑重量减轻，影响脑的正常发育，使小儿出现智力低下、运动发育落后等脑发育不良表现。
