子宫内膜异位症可发生于盆腔内和盆腔外。盆腔内好发于卵巢（形成巧克力囊肿）、宫骶韧带与直肠子宫陷凹（致腰骶部疼痛等）、盆腔腹膜（有不同形态病变）；盆腔外可见于阴道（致经期出血等）、宫颈（罕见，可无症状或经期痛）、腹部手术瘢痕（有周期性疼痛等）、肺部（致经期咯血等）、泌尿系统（膀胱致尿频等，输尿管致梗阻腰痛等）。
一、盆腔内异位
1.卵巢：是子宫内膜异位症最常见的好发部位之一。卵巢异位病灶可因反复出血形成单个或多个囊肿，囊肿内含暗褐色黏糊状陈旧血，似巧克力样，故称为卵巢巧克力囊肿。其发生与卵巢的周期性变化有关，月经周期中卵巢排卵后形成的黄体等结构会受到异位内膜的影响，导致出血等一系列病理改变。在育龄女性中较为常见，可能会影响卵巢的正常功能，如排卵等，进而对生育产生一定影响，尤其是有生育需求的女性，需要密切关注卵巢异位症的情况。
2.宫骶韧带、直肠子宫陷凹：宫骶韧带是连接子宫颈与骶骨的组织，直肠子宫陷凹是盆腔最低的部位。异位内膜种植于宫骶韧带、直肠子宫陷凹处时，可导致局部出现结节样病变，患者可能会出现经期腰骶部疼痛等症状。在女性月经期，这些部位的异位内膜会随着月经周期发生出血等变化，刺激周围组织引起疼痛不适，尤其是对于有多次妊娠、分娩经历的女性，可能因为盆腔解剖结构的改变等因素增加该部位发生子宫内膜异位症的风险。
3.盆腔腹膜：盆腔腹膜也可能发生子宫内膜异位症，可表现为红色病变、蓝色病变等不同形态。红色病变多为早期病变，表现为局部充血、红色斑点或火焰状病灶；蓝色病变则是陈旧性出血形成的。盆腔腹膜的异位内膜种植可能与腹腔内环境的改变等多种因素有关，例如腹腔液中一些细胞因子等可能影响内膜细胞的种植和生长，不同年龄的女性都可能发生盆腔腹膜的子宫内膜异位症，但具体机制还在进一步研究中。
二、盆腔外异位
1.阴道：相对较少见，但也有发生。异位内膜可种植在阴道黏膜等部位，患者可能会出现阴道经期出血等症状，尤其是在阴道检查等操作时可能被发现。对于有过阴道手术史等情况的女性，可能增加阴道发生子宫内膜异位症的几率，因为手术可能导致内膜细胞种植到阴道组织中。
2.宫颈：宫颈子宫内膜异位症较为罕见，异位内膜可位于宫颈表面或深部组织。患者可能没有明显症状，或在经期出现宫颈部位的疼痛等表现，其发生可能与宫颈的创伤等因素有关，比如宫颈的手术操作等可能使内膜细胞种植到宫颈组织内。
3.腹部手术瘢痕：如果女性有过盆腔手术史，如剖宫产手术等，异位内膜细胞可能种植在手术瘢痕处，形成腹部手术瘢痕子宫内膜异位症。随着时间推移，在经期瘢痕部位可能出现周期性疼痛、硬结等表现，尤其是多次剖宫产的女性，发生手术瘢痕子宫内膜异位症的风险相对较高，因为手术次数越多，内膜细胞种植到瘢痕组织的机会可能越大。
4.肺部：盆腔外异位到肺部的情况也有报道，患者可能会出现经期咯血等症状，这是因为异位内膜在肺部种植后，随着月经周期发生出血等病理过程，血液通过呼吸道排出。肺部子宫内膜异位症的发生机制可能与经血逆流等途径有关，含有内膜细胞的经血逆流到肺部后种植生长，对于有经期咯血等肺部相关症状且有子宫内膜异位症高危因素的女性需要考虑到肺部异位的可能。
5.泌尿系统：如膀胱、输尿管等部位也可能发生子宫内膜异位症。膀胱子宫内膜异位症患者可能出现经期尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状，输尿管子宫内膜异位症可能导致输尿管梗阻等情况，引起腰痛等表现。其发生与异位内膜细胞通过血液循环或淋巴系统等途径种植到泌尿系统组织有关，不同年龄的女性都可能受影响，尤其是本身有子宫内膜异位症其他部位病变的女性，需要排查泌尿系统是否有异位情况。
