多次胚胎停育受多种因素影响，包括染色体异常（夫妻双方染色体数目或结构异常、年龄致染色体异常概率增加）、内分泌因素（黄体功能不全、甲状腺功能异常、高泌乳素血症）、子宫解剖因素（子宫畸形、宫腔粘连）、免疫因素（自身免疫性抗体、同种免疫异常）、感染因素（TORCH感染、其他病原体感染）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦）及男方因素（精子质量问题）。
年龄影响：女性年龄超过35岁后，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，35岁以上女性染色体异常胚胎的发生率明显高于年轻女性，这也是该年龄段女性多次胚胎停育风险升高的重要因素之一；男性随着年龄增长，精子质量也会下降，染色体异常的精子比例增加，同样会增加胚胎停育的风险。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要。黄体功能不全时，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的宫内环境，从而导致胚胎停育。有研究表明，黄体功能不全的女性多次胚胎停育的发生率比正常女性高很多。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育。甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加胚胎停育的风险。例如，临床研究发现，甲状腺功能减退患者未经治疗时多次胚胎停育的发生率显著高于甲状腺功能正常者。
高泌乳素血症：血清泌乳素水平过高会抑制卵巢功能，影响排卵和黄体功能，进而导致胚胎停育。很多高泌乳素血症患者会出现月经紊乱、泌乳等表现，同时伴有多次胚胎停育的情况。
子宫解剖因素
子宫畸形：如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等。子宫畸形会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和发育空间。例如，纵隔子宫患者，纵隔会占据部分宫腔，导致胚胎种植面积减少，胚胎供血不足，从而增加胚胎停育的风险。
宫腔粘连：多由人工流产、刮宫等宫腔操作引起，宫腔粘连会使宫腔有效容积减小，子宫内膜损伤，影响胚胎着床和发育。研究显示，有宫腔粘连病史的女性多次胚胎停育的发生率明显高于无宫腔粘连者。
免疫因素
自身免疫性抗体：如抗心磷脂抗体、抗核抗体等。抗心磷脂抗体可通过与血小板及内皮细胞上的受体结合，影响胎盘血管的形成和血流灌注，导致胎盘血栓形成，胚胎缺血缺氧，引发胚胎停育。抗核抗体阳性的患者，自身免疫系统会攻击自身组织，包括胎盘组织，从而影响妊娠。
同种免疫异常：母胎免疫耐受失衡，母体免疫系统将胚胎视为“外来物”进行攻击，导致胚胎停育。例如，自然杀伤细胞活性异常增高时，会杀伤胚胎滋养细胞，影响胎盘的正常发育。
感染因素
TORCH感染：包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。孕妇在孕期感染这些病原体后，病原体可通过胎盘感染胎儿，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停育。例如，孕妇感染风疹病毒后，在妊娠早期感染胎儿，约50%的胎儿会出现先天性风疹综合征，导致流产、死胎或出生后有多种先天性畸形。
其他病原体感染：如支原体、衣原体感染等。这些病原体感染可引起子宫内膜炎等，影响子宫内环境，不利于胚胎着床和发育，增加多次胚胎停育的风险。
生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子质量，增加染色体异常的概率，同时烟草中的有害物质会影响胎盘血管的功能，导致胎盘供血不足；男性吸烟饮酒会影响精子质量，使精子畸形率增加，从而增加胚胎停育的风险。有研究表明，长期吸烟饮酒的夫妇多次胚胎停育的发生率远高于不吸烟饮酒的夫妇。
过度肥胖或消瘦：肥胖女性体内胰岛素抵抗、炎症因子水平升高等情况较为常见，这些因素会影响内分泌环境和子宫内膜容受性；消瘦女性往往存在营养缺乏等问题，也会影响胚胎的着床和发育。例如，肥胖女性患多囊卵巢综合征等内分泌疾病的概率增加，而多囊卵巢综合征本身就与多次胚胎停育相关。
男方因素
精子质量问题：精子染色体异常、精子活力低下、精子畸形率高等都会影响胚胎的质量。精子染色体异常可直接导致胚胎染色体异常，从而引发胚胎停育；精子活力低下和畸形率高会使精子难以顺利到达输卵管与卵子结合，即使结合形成胚胎，也可能因为质量不佳而发生停育。
