原发性闭经病因多样，包括遗传因素（性染色体异常、X染色体相关基因缺陷）、先天性生殖道发育异常（处女膜闭锁、先天性无阴道）、内分泌异常（下丘脑功能异常如中枢神经系统-下丘脑病变、垂体功能异常如垂体肿瘤）、其他因素（营养因素如过度节食、疾病因素如全身性慢性疾病）。
一、遗传因素相关病因
（一）性染色体异常
1.Turner综合征：是最常见的引起原发性闭经的性染色体异常疾病，其核型通常为45，X或其变异型。正常女性染色体核型为46，XX，而Turner综合征患者由于性染色体缺失或结构异常，影响性腺发育，导致卵巢呈条索状纤维组织，无卵泡发育，从而引起原发性闭经。这种情况在女性新生儿中的发生率约为1/2500-1/5000，且与年龄因素无关，从出生起就存在性染色体异常的病理基础。
2.X染色体相关基因缺陷：某些与性腺发育、生殖细胞分化等相关的X染色体上的基因发生突变或缺失，也可能导致原发性闭经。例如，与卵巢功能维持相关的FOXL2基因等发生突变时，会影响卵巢的正常结构和功能，导致原发性闭经的发生。这类遗传因素导致的原发性闭经，具有家族遗传倾向，可在家族中发现类似病例。
二、先天性生殖道发育异常相关病因
（一）处女膜闭锁
1.病因机制：处女膜褶发育旺盛，泌尿生殖窦上皮未能贯穿前庭部，导致处女膜无孔，月经血无法排出。在青春期后，月经初潮应该来临，但由于处女膜闭锁，月经血积聚在阴道、子宫甚至输卵管，引起周期性下腹痛进行性加重等表现，从而表现为原发性闭经。这种情况与年龄相关，通常在青春期女性中出现，由于生理发育到一定阶段，月经应潮而未潮，结合妇科检查可发现处女膜无孔，呈紫蓝色膨出等特征性表现。
（二）阴道发育异常
1.先天性无阴道：常合并先天性无子宫或仅有始基子宫，是由于胚胎时期双侧副中肾管发育不全所致。这种情况下，女性生殖系统的阴道部分未正常发育，导致无法有月经血的流出通道，从而引起原发性闭经。该疾病在女性出生时就存在生殖道发育的异常，与年龄因素相关，在青春期时表现为原发性闭经，同时可能伴有第二性征发育正常，但无月经来潮等表现。
三、内分泌异常相关病因
（一）下丘脑功能异常
1.中枢神经系统-下丘脑病变：
肿瘤：如颅咽管瘤等，可压迫下丘脑，影响促性腺激素释放激素（GnRH）的分泌。GnRH是调节垂体分泌促性腺激素（包括促卵泡生成素FSH和促黄体生成素LH）的重要激素，其分泌受影响后，会导致垂体促性腺激素分泌不足，进而引起性腺功能低下，出现原发性闭经。颅咽管瘤可发生在任何年龄，但在儿童和青少年时期相对多见，由于肿瘤对下丘脑的压迫，从儿童期开始就可能影响内分泌轴的正常功能，导致青春期原发性闭经等表现。
精神应激：长期的精神紧张、焦虑、压力过大等精神应激因素，可通过大脑皮层-下丘脑途径，影响GnRH的分泌。例如，过度的学习压力、突然的生活事件打击等，都可能导致下丘脑功能紊乱，促性腺激素分泌减少，引起原发性闭经。这种情况在青春期女性中较为常见，与生活方式中的精神压力因素密切相关，长期处于高压力状态下的青春期女性更容易出现这种内分泌异常导致的原发性闭经。
（二）垂体功能异常
1.垂体肿瘤：
催乳素瘤：垂体催乳素瘤可分泌过多的催乳素（PRL），高催乳素血症可抑制下丘脑GnRH的分泌，进而抑制垂体促性腺激素的分泌，导致性腺功能低下，引起原发性闭经。垂体催乳素瘤可发生在不同年龄，但在青春期女性中也有发病可能，肿瘤的存在从垂体水平影响内分泌轴，导致月经异常。
空蝶鞍综合征：由于鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔流入蝶鞍的脑脊液增多，使蝶鞍扩大，垂体受压缩小，影响垂体功能。当影响到促性腺激素分泌时，可导致原发性闭经。空蝶鞍综合征可发生于各个年龄段，其对垂体功能的影响与年龄相关，随着年龄增长，垂体萎缩等情况可能逐渐明显，从而在相应年龄阶段出现原发性闭经等表现。
四、其他病因
（一）营养因素
1.过度节食：青春期女性为了追求身材苗条而过度节食，导致机体营养不良。长期的营养不良会影响下丘脑-垂体-性腺轴的正常功能，使GnRH分泌减少，促性腺激素分泌不足，进而引起原发性闭经。这种情况与生活方式中的饮食因素密切相关，青春期女性如果存在不合理的节食减肥行为，就容易因营养因素导致原发性闭经。一般来说，当体重过低，低于正常体重的10%-15%时，就可能出现内分泌轴的紊乱。
（二）疾病因素
1.全身性慢性疾病：
严重贫血：长期慢性贫血会导致机体处于慢性消耗状态，影响下丘脑-垂体-性腺轴的血液供应和营养状况，从而影响激素的合成和分泌。例如，长期的缺铁性贫血或其他类型的严重贫血，可使GnRH分泌减少，促性腺激素水平降低，引起原发性闭经。这种情况在患有慢性疾病导致贫血的女性中出现，与疾病的病程和严重程度相关，长期慢性贫血的女性在青春期时可能表现为原发性闭经。
结核病：盆腔结核可累及生殖器官，如输卵管、子宫内膜等。结核杆菌感染可破坏子宫内膜，导致子宫内膜不能周期性剥脱，同时也可能影响卵巢功能，引起原发性闭经。盆腔结核可发生在任何年龄，但在青春期女性中，如果感染盆腔结核，由于结核病变对生殖系统的破坏，可在青春期时表现为原发性闭经，且常伴有低热、盗汗、乏力等全身结核中毒症状。
