新生儿败血症死亡率在发达国家约为5%-10%、发展中国家可达20%-30%，影响新生儿败血症死亡率的因素为病原菌种类、胎龄和出生体重、诊断和治疗时机、并发症情况。
1.病原菌种类
不同病原菌导致的败血症死亡率有所差异。例如，金黄色葡萄球菌引起的败血症，如果能早期诊断并合理使用抗生素，死亡率相对较低；但对于一些耐药菌，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），治疗难度较大，死亡率可能会升高。而大肠杆菌等革兰阴性杆菌引起的败血症，容易并发休克、多器官功能衰竭等严重并发症，死亡率也相对较高。
2.胎龄和出生体重
早产儿和低出生体重儿由于免疫系统发育不成熟，机体抵抗力差，一旦发生败血症，死亡率明显高于足月儿和正常出生体重儿。胎龄越小、出生体重越低，死亡率越高。如胎龄小于28周、出生体重小于1000g的超低出生体重儿，发生败血症后的死亡率可高达50%以上。
3.诊断和治疗时机
早期诊断并及时给予有效的抗感染治疗是降低死亡率的关键。如果能在发病早期明确病原菌，并选用敏感的抗生素进行治疗，可显著提高患儿的生存率。相反，诊断延迟、治疗不及时或不合理，会导致病情进展迅速，出现严重并发症，从而增加死亡率。
4.并发症情况
败血症患儿如果并发化脓性脑膜炎、感染性休克、弥散性血管内凝血（DIC）等严重并发症，死亡率会明显升高。例如，合并化脓性脑膜炎的患儿，由于血脑屏障发育不完善，病原菌容易侵犯中枢神经系统，治疗难度大，预后较差，死亡率可达20%40%。
